Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~element/Term3/report9.html
Дата изменения: Thu Feb 21 23:21:38 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 09:58:17 2012
Кодировка: Windows-1251

Исследование белок-нуклеиновых контактов

1.


Заданный файл PDB:HLH (Helix-loop-helix DNA-binding domain) 1NKP можно найти в файле: 1NKP.pdb

2.


В тексте полученных структур необходимые атомы называются так:
основания в цепях ДНК называютя dc,dg,da,dt.
атомы остатка сахара -- C1',C2',C3',C4',O4'.
атомы фосфорной кислоты -- OP1,OP2,P.
атомы азотистых оснований -- C2,N3,C4,N4,C5,C6,N1,O2.(для C)
После запуска скрипта dna.def, были выделены множества:
 base - все атомы оснований ДНК (эквивалентно dna and not backbone);
 mjg - атомы оснований ДНК, обращенные в большую бороздку ("major groove");
 mig - атомы оснований ДНК, обращенные в малую бороздку ("minor groove"). 

Далее были определены множества полярных и неполярных атомов ДНК. 
полярные: атомы кислорода и азота. Для 2'-дезоксирибозы: "*.О?" 
Для полярных атомов остатков фосфорной кислоты: "*.ОР?"
Для полярных атомов азотистых оснований, обращенных в большую бороздку: (oxygen,nitrogen) and mjg 
Для полярных атомов азотистых оснований, обращенных в малую бороздку: (oxygen,nitrogen) and mig

неполярные:атомы углерода. 
Для 2'-дезоксирибозы: " *.C?* "
Для неполярных атомов бороздки: "carbon and..."
Расстояния при поиске полярных контактов были взяты 3,5 A, при поиске неполярных - 4,5 A. 
Полярные взаимодействия атомов белка с ДНК: spacefill 200
Гидрофобные взаимодействия атомов белка с ДНК: spacefill 300
Скрипт: script.spt
Результаты в таблице (велся поиск суммарного числа контактов для всей структуры):

  Полярные Неполярные Всего
Контакты белка с ...      
... остатками 2'-дезоксирибозы  3  29  32
... остатками фосфорной кислоты  31  37  68
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки  14  23  37
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки  0  0  0


Количество неполярных контактов с белком превышает количество полярных взаимодействий. Остатки 
азотистых оснований со стороны большой бороздки, видимо, играют важную роль в образовании 
водородных связей. Впрочем, как и в гидрофобных контактах с белком. 
Остатки же азотистых оснований со стороны малой бороздки не образуют контактов с белком.

3.

На этом рисунке показан контакт гистидина 906 и гуанина 313.
 



4.

C помощью Uniprot были найдены следующие сведения о заданном белке: Название - MYC_HUMAN АС в UniProt -P01106; P01107; Q14026; Относится к семейству HLH(PF00010). Это структура ДНК-связывающих доменов через мотив "спираль-петля-спираль" (helix-loop-helix). Базовые "спираль-петля-спираль" белки - это группа эукариотических факторов транскрипции, которые определяют пути развития. Этот фактор транскрипции, известный как сильно эволюционно консервативный bHLH домен, который играет роль в образовании специфичного димера. Они облегчают переход из неактивных мономеров в транс-активыне димеры на нужной стадии развития. Выравнивания Pfam Здесь можно увидеть, что рассмотренный специфический контакт( в задании 3), является консервативным. Координаты,указанные в выравнивании не совпадают с теми номерами позиций белков, которые есть в файле pdb. Но здесь можно найти как именно была изменена нумерация.

5.

С помощью программы nucplot были получены следующие изображения. Изображения подтверждают предположение о контакте, указанном выше.

вернуться на главную


©Пономарева Ольга