Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~dracon/t4-files/prac5.html
Дата изменения: Fri May 26 19:45:40 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 09:37:34 2012
Кодировка: Windows-1251

Классификация функций. Ферменты.

Расшифровка кода фермента.

В задании требовалось, используя правила биохимической номенклатуры IUPAC, расшифровать данный код фермента. Данный код - EC 2.7.4.8

Расшифровка кода:

EC 2       - transferases (трансфераза)
EC 2.7     - Transferring phosphorus-containing groups (преобразование фосфорсодержащих групп)
EC 2.7.4   - Phosphotransferases with a phosphate group as acceptor 
                 (фосфотрансфераза с фосфатной группой в качестве акцептора)
EC 2.7.4.8 - guanylate kinase (гуанилат киназа)

Итого: EC 2.7.4.8 - фермент, присоединяющий фосфатную группу к гуанилату.

Использование средств специализированного ресурса Brenda для характеристики фермента EC 2.7.4.8

Был проведен поиск данного кода по номенклатуре. Получены ссылки на схему ферментативной реакции, перечень всех последовательностей и полное описание. Ниже приведен рисунок со схемой ферментативной реакции:

Общее число ферментов с кодом EC 2.7.4.8 - 265.

Ингибиторов для данного фермента существует множество - 36 штук. Например, 5,5'-Dithiobis(2-nitrobenzoate), 9-(1,3-dihydroxy-2-propylmethyl)guanine 5'-monophosphate, 9-(6-phosphonohexyl)guanine и прочие.

А вот активаторов всего два, причем ни по одному из них нет четкой информации.

Оптимум pH = 7-8.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

По данному коду с помощью SRS были найдены в SWISS-Prot ферменты из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.

Запрос для SwissProt: ([swissprot-ECNumber:2.7.4.8*] & (([swissprot-ID:*_Ecoli*] | [swissprot-ID:*_Human*]) | [swissprot-ID:*_Metja*])) - запрос для SwssProt. По нему найдено 2 белка: для Escherichia coli(ID:KGUA_ECOLI; AC:P60546) и человека (ID:KGUA_HUMAN; AC:Q16774).

По картинке, выданной в SRS, домены обоих белков очень похожи:

Используя программу seqret пакета EMBOSS были получены аминокислотные последовательности доменов.

Определена попарная идентичность посредством программы needle. Ниже приведено выравнивание:

Aligned_sequences: 2
1: KGUA_ECOLI
2: KGUA_HUMAN
Matrix: EBLOSUM62
Gap_penalty: 10.0
Extend_penalty: 0.5

Length: 107
Identity:      46/107 (43.0%)
Similarity:    63/107 (58.9%)
Gaps:           4/107 ( 3.7%)
Score: 200.0

KGUA_ECOLI         1 TRQPRPGEVHGEHYFFVNHDEFKEMISRDAFLEHAEVFGNYYGTSREAIE     50
                     ||.|||||.:|:.|:||..:..:..|:...|:||||..||.||||:.|::
KGUA_HUMAN         1 TRNPRPGEENGKDYYFVTREVMQRDIAAGDFIEHAEFSGNLYGTSKVAVQ     50

KGUA_ECOLI        51 QVLATGVDVFLDIDWQGAQQIRQKMPHARSIFI--LPPSKIELDRRLRGR     98
                     .|.|......||:|.||.:.|  |....|.|:|  .|||...|::|||.|
KGUA_HUMAN        51 AVQAMNRICVLDVDLQGVRNI--KATDLRPIYISVQPPSLHVLEQRLRQR     98

KGUA_ECOLI        99 GQDSEEV    105
                     ..::||.
KGUA_HUMAN        99 NTETEES    105

Используемые команды:

seqret sw:P60546 -sask, далее программе были указаны координаты (41 - 145) и имя файла, куда был записан фрагмент последовательности.
seqret sw:Q16774 -sask, далее программе были указаны координаты (39 - 143) и имя файла, куда был записан фрагмент последовательности.
needle EcoDom.txt HumDom.txt

На главную...