На главную

Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

• Заданное описание локализации: аппарат Гольджи (Golgi apparatus).
• Соответствующий термин GO и его идентификатор: Golgi apparatus, GO:0005794.
• Онтология GO: cellular component (компонент клетки)
• Аппарат Гольджи - сложная органелла эукариотической клетки (ЦПМ), состоящая из более или менее упорядоченных уплощенных гладких везикул. Аппарат Гольджи отличается от эндоплазматического ретикулума наличием несколько утолщенных мембран в разрезе выглядящих как неглубокий полукруг. Выпуклая часть полукруга примыкает к эндоплазматическому ретикулуму, а секреторные везикулы возникают на вогнутой части полукруга. Клетки позвоночных обычно имеют одну такую органеллу, тогда как в клетках беспозвоночных и растений встречаются несколько диктиосом "разбросанных" в цитоплазме. Аппарат Гольджи обрабатывает белки, которые были произведены рибосомами гранулярного эндоплазматического ретикулума. Эта обработка включает модификацию ядер олигосахаридов гликопротеинов, а также сортировку и упаковку белков для их последующего транспорта в различные части клетки. Сейчас в аппарате Гольджи выделяют три структурно-функциональные части: цис, транс и медиальный участки.

 

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Полная запись банка Swiss-Prot, описывающая последовательность белка STRAA_HUMAN сохранена в файле srs.txt.

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	C	2	цитоплазма, ядро
Зачем, для чего?	P	4	активация киназы, жизненный цикл клетки, фосфориллирование а.о. белков, эспорт белков из ядра
Молекулярный механизм?	F	1	киназная активность
Специфичность?	F	2	связывание АТФ, связывание белков

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Протеом Bos taurus. Результаты поиска в UniProt, 29.03.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	5600	(([swissprot-Species:Bos*] & [swissprot-Species:taurus*]) | [swissprot-Species:Bos taurus*])
С идентификаторами всех трех онтологий GO	2498	((([swissprot-Species:Bos*] & [swissprot-Species:taurus*]) | [swissprot-Species:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) > parent ))
В том числе в аппарате Гольджи	46	(((([swissprot-Species:Bos*] & [swissprot-Species:taurus*]) | [swissprot-Species:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0005794*] > parent ))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	86	(((([swissprot-Species:Bos*] & [swissprot-Species:taurus*]) | [swissprot-Species:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) > parent )) & (((([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:EXP*]) | ([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:IDA*])) | ([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:TAS*])) > parent ))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	No entries found	(((([swissprot-Species:Bos*] & [swissprot-Species:taurus*]) | [swissprot-Species:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) > parent )) & (((([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:EXP*]) & ([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:IDA*])) & ([swissprot-DBxref:GO*] & [swissprot-DBxref:TAS*])) > parent ))