Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~dashkache/term6/txt/epsilon.bash Дата изменения: Fri Apr 8 21:10:02 2011 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:22:51 2012 Кодировка: Windows-1251

#!/bin/bash

#создадим по 7 файлов для жидкой и газовой фаз#
for i in {1..7};do
#расчет семи значений epsilon#
ep=$( echo "scale=5; 1/$i/$i/$i" | bc -l )
#заменяем epsilon в исходном файле и записываем новый файл#
sed "s/1.00000/$ep/" et.top > v_${i}.top
#запуск молекулярной динамики для фаз с помощью GROMACS#
grompp_d -f md -c box_gas -p v_${i}.top -o vb_${i} -maxwarn 1 && mdrun_d -deffnm vb_${i} -v
grompp_d -f md -c box_liquid -p v_${i}.top -o v_${i} -maxwarn 1 && mdrun_d -deffnm v_${i} -v
#расчет энергий VdW и Кулоновских взаимодейсвий для каждой фазы с помощью g_energy#
echo -e "LJ-(SR)\nCoulomb-(SR)\n0" | g_energy -f -b 10 vb_${i} -o eb_${i} > vb_${i}.txt
echo -e "LJ-(SR)\nCoulomb-(SR)\n0" | g_energy -f -b 10 v_${i} -o e_${i} > v_${i}.txt
#запись значений epsilon и VdW #
echo -n "$ep "
awk '/^LR/{print $3}' vb_${i}.txt
awk '/^LR/{print $3}' v_${i}.txt
done