Алгоритмы рекострукции филогении

1. Укоренение в среднюю точку

   Дерево до укоренения:
   
   Дерево после укоренинения:
   
   корень построенного дерева не совпадает с корнем правильного.Укоренение произошло в ветвь {LACAC, STRP1} против {CLOB1, FINM2, LISMO, STAA1, BACAN}.
   Метод максимальной экономии не выдает длины ветвей.
   UPGMA выдает уже укорененное дерево.

2. Использование внешней группы

   Изображение дерева с листом Ecoli:
   
   корень построенного дерева не совпадает с корнем правильного.Укоренение произошло в ветвь {FINM2} против {CLOB1,LACAC, STRP1, LISMO, STAA1, BACAN}.
   

3. Бутстрэп

   
   

   
     +---------------------------------------EFTS FINM2
     |
     |                               +-------EFTS BACAN
     |                       +--67.5-|
     |               +--76.3-|       +-------EFTS STAA1
     |               |       |
     |       +--71.5-|       +---------------EFTS LISMO
     |       |       |
     |       |       |               +-------EFTS LACAC
     +-------|       +----------100.0-|
             |                       +-------EFTS STRP1
             |
             +-------------------------------EFTS CLOB1
   
   

   В построенном дереве 3 правильных ветви. Есть неправильная ветвь: {BACAN, STAA1} против {LISMO, LACAC, STRP1, CLOB1, FINM2}. Если лист STAA1 переместить, получится правильное дерево. Программе Fprotpars без bootstrep'а удалось воспроизвести 2 правильные ветви. Таким образом, очевидно, что реконструкция улучшилась.