Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~darkhan/projects/pymol/surface.html
Дата изменения: Mon Nov 22 14:37:22 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 19:08:42 2012
Кодировка: Windows-1251
Айдарханов Руслан ФББ - Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены

Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены

Работа с записью PDB 1JFS.
Содержит последовательность мономера пуринового репрессора, связанного с одной цепью ДНК.

На сервере PDBe не оказалось биологической единицы для данной записи. Поэтому на сайте RCSB был скачан файл авторов структуры с биологической единицей 1jfs.pdb1. Но в этом файле различные ассиметрические единицы находились в различных моделях, поэтому был написан скрипт на языке Perl biol.pl, который объединяет две модели в одну, переименновывая цепи атомов второй модели A -> C, B -> D. Таким образом был получен необходимый для работы файл biol.pdb

Изображения поверхностей контакта

Для каждого пункта были написаны скрипты для PyMOL, после чего улучшалось качество поверхности командой
set surface_quality, 1
и создавалось изображение.
  1. Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера (monomer.pml).

  2. Поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлеченной в контакт (prot.pml).

  3. Поверхность контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали (dna.pml).

Cервис PROTORP

Данный сервис позволяет узнать различные характеристики взаимодействия двух цепей из файла PDB, например:

Площадь контакта белковых мономеров составляет 2551.62 Å2, 42.72% этой площади приходится на гидрофобное взаимодействие.

Cервис CluD

С помощью этого сервиса были определены гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка объемом не менее 10 атомов.

Выходной файл сервиса - таблица с атомами, относящимися к гидрофобным кластерам. Довольно странно, что этот файл содержал атомы кластеров, объем которых ниже заданного программе. Такие атомы не учитывались в упражнении.

Создано то же изображение, что в упр. 1A, на котором поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена различными цветами для каждого кластера (clud.pml).

Cервис pDomains

Данный сервис позволяет определить доменную структуру одной цепи из файла PDB, используя различные методы.
  1. Для цепи A белка пуринового репрессора различные методы определили доменную структуру по-разному. Наиболее адекватными мне показались результаты метода CATH. Он выделил следующие домены:
    • синий 2-58
    • зеленый 59-160 , 291-322
    • красный 161-290 , 323-339
    Судя по изображению, это выглядит вполне достоверно, так как, действительно, отчетливо выделяются 3 гидрофобных ядра в структуре.

  2. Мой белок с точки зрения доменной структуры не слишком интересен, так как представляет из себя бета-бочонок. Поэтому в банке PDB была найдена запись 2x52.pdb. Сервисы метода сходным образом определили доменную структуру цепи A этой записи. Я выбрал метод pdb, так как его результаты выглядят немного адекватнее. Он выделил следующие домены:
    • синий 2-42
    • зеленый 43-85
    • красный 86-128
    • желтый 129-171



© Айдарханов Руслан 2008