|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~danilenko/dna_form.html
Дата изменения: Sun Nov 11 03:29:51 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 02:04:29 2012 Кодировка: Windows-1251 |
| A-форма | B-форма | Файл dna31.pdb | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | правая |
| Шаг спирали (Å) | 28.02 | 33.75 | 31.965 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 10 |
| Ширина большой бороздки | 7.98 (С) | 17.21 (С) | 16.26 (А) |
| Ширина малой бороздки | 16.48 (А) | 11.69 (А) | 9.549 (Т) |
В файле dna31.pdb были выделены с помощью spacefill атомы c5* дизоксирибозы цепи А. Расстояние измерено между атомами G12A.C5 и G2A.C5 и равно 31.965 А. Виток спирали состоит из десяти нуклеотидов. Для измерения ширины броздок были взяты атома фосфора цепей. Ширина малой бороздки измерялась между атомами T8A.P-T21B.P и оказалась равна 9.549 А. Ширина большой борозки измерялась между атомами A5A.P-G16B.P и равна 16.26. Аналогично измерялись параметры для двух других структур.
В A-ДНК большая бороздка меньше по ширине, чем малая, но глубже. В B-ДНК малая бороздка меньше и по глубине, и по ширине. Фрагмент dna31.pdb B-форма ДНК по ряду признаков (соотношение ширины большой и малой бороздки, визуальное представление, число оснований на виток спирали).
При сравнении углов в трех структурах было обнаружено, что в цепях, созданных программой fiber все соответствующие углы равны, но для разных видов ДНК различаются, то есть эти цепи являются "идеальными". В структуре dna31.pdb углы очень различаются, поэтому она должна быть менее стабильна. Возможно, эта разница углов обусловлена тем, что данный фрагмент функционирует в естественной среде и подвергается каким-то влияниям, из-за которых углы приобретают такие значения.
Программа analyze выдает информацию о том, право- или левозакрученная спираль, о различных важных межатомнах расстояниях, о размерах бороздок, об углах, водородных связях и т. д.
Структуры изображены в стопочной модели, вид сверху и сбоку.
| А-форма ДНК | |
| | |
| B-форма ДНК | |
| | |
| DNA31 | |
| | |
Изображения созданы с помощью программы pdb2img.