Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~da_shal/term2/pubmed.html
Дата изменения: Fri Feb 29 17:16:59 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 08:57:46 2012
Кодировка: Windows-1251
Банк MedLine (PubMed) Главная
Второй семестр

Банк MedLine (PubMed)

Эта работа посвящена банку данных MedLine и системе работы с ним PubMed. Medline - это сокращение от MEDlars onLINE. MEDLARS (MEDical Literature Analysis and Retrieval System). Национальная медицинская библиотека США. Это самая крупная база данных опубликованной медицинской информации в мире, охватывающая около 75 процентов всех мировых изданий.Легкость получения нужной информации достигается при помощи индексирования, когда к любой записи можно обратиться, основываясь на содержащейся в ней информации. Каждая запись разделена на категории, называемые полями, которые содержат различные виды данных. Для Medline примерами полей могут быть название журнала, автор статьи, заголовок, номер страницы, и т.п. Все журнальные в Medline проиндексированы по определенным ключевым словам или терминам, которые включены в специальный словарь под названием "Medical Subject Headings" (MESH). Использование такого подхода обеспечивает однообразие и преемственность в иерархической структуризации биомедицинской литературы. Термины MESH и древовидная структура их взаимоотношений пересматриваются ежегодно. Подробней про MESH можно узнать на специальной странице
http://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html
Это активно используется системой PubMed. По умолчанию, система автоматически производит так называемое картирование терминов. Оно заключается в том, что сопоставляются термины введенные пользователем со стандартными терминами из четырех справочников Medline: индексом MESH, базой названий журналов, индексом фраз и авторов. В том числе, например, система находит термин соответствующий указанному разговорному названию и ищет его тоже. Хотя кроме PubMed есть и другие системы для работы с этим банком данных, PubMed разрабатывается в NCBI с целью создания интегрированного доступа не только к MEDLINE, но и к ресурсам, предоставляемым издателями журналов, цитируемых в MEDLINE. Кроме этого, PubMed предоставляет доступ к тем же молекулярно-биологическим базам данных, что и Entrez. Итак, используем поисковую систему PubMed для выполнения некоторых задач.

  1. Найдем ссылки на статьи, в которых упоминается полное название выданного мне белка белка.
    Название белка - ybeY E.coli
    Количество найденных статей - 1
    Примечание: система проедлагает заменить прописные буквы на строчные, и по-другому пишется название бактерии, так что поиск велся по запросу "ybey e coli"
    Примечание: эта статья упоминалась в документе из банка UniProt с описанием белка, причем это последняя из указаных публикаций:

    RX PubMed=16511207; DOI=10.1107/S1744309105031131;
    RA Zhan C., Fedorov E.V., Shi W., Ramagopal U.A., Thirumuruhan R.,
    RA Manjasetty B.A., Almo S.C., Fiser A., Chance M.R., Fedorov A.A.;
    RT "The ybeY protein from Escherichia coli is a metalloprotein.";
    RL Acta Crystallogr. F 61:959-963(2005).

    А остальные две статьи, хоть и присутствуют в банке, не посвящены непосредственно этому белку (хоть он в них и упоминается), а потому и не были найдены.
  2. Результат этого поиска сохранены в виде текста в файле query1.txt
  3. Выбрать из списка найденных статей одну было не сложно, благо выбор не слишком велик. Аннотация этой статьи сохранена в файле abstract.txt Чтобы найти все публикации автора, я просто перешла по ссылке, кликнув на его фамилии в списке. Всего у А.А. Федорова нашлось 130 публикаций (возможно такое имя и инициалы были не у одного человека). Затем к запросу добавим ограничение по времени в три года с помощью закладки limits и число статей сократилось до 31. Конечный результат поиска сохранен в файле query2.txt
  4. Поищем ссылки на статьи об опоясывающем лишае (shingles). Первая страница результатов поиска в виде последовательных аннотаций сохранена в файле query3.txt В него вошли аннотаци к первым 20-ти статьям, хотя всего было найдено 8267 публикаций.
    Примечание: "разговорное" название "shingles" PubMed распознает как
    ("herpes zoster"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "herpes zoster"[MeSH Terms] OR shingles[Text Word]
    То есть эта система сама подбирает к общеупотребительному названию медицинский термин, включая в поиск слова herpes zoster.
  5. дополнительные задания

Примечание:
во введении использовалась информация из 
статьи "MEDLINE. Практическое руководство" 
опубликованной в Белорусском медицинском журнале, ? 1, 2004 г.


©Шалаева Дарья 2007