Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

Заданноне описание локализации белка - цитоплазма, организм (Canis familiaris). На главном сайте консорциума GO http://www.geneontology.org/ найдем наиболее подходящий термин. Для этого в поиске наберем вольный перевод термина на английский - cytoplasm, укажем поиск не по генам, а по терминам БД, находится 131 совпадение. После указания фильтра (Cellular Components) результатов стало всего 35. Нам подходит первый:

• заданное описание локализации - цитоплазма
• выбранный термин GO и его идентификатор - GO:0005737 "cytoplasm"
• название онтологии GO и его перевод на русский - Cellular component - компонент(часть) клетки
• определение термина - Все содержимое клетки, кроме плазматической мембраны и ядра, но включая остальные внутриклеточные структуры. (All of the contents of a cell excluding the plasma membrane and nucleus, but including other subcellular structures. )

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Получите полную запись банка Swiss-Prot, описывающую последовательность белка TRXR1_HUMAN (Q16881). строки поля DR, посвященные БД GO:


DR   GO; GO:0005829; C:cytosol; EXP:Reactome.
DR   GO; GO:0005634; C:nucleus; IEA:UniProtKB-KW.
DR   GO; GO:0009055; F:electron carrier activity; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0050660; F:FAD binding; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0050661; F:NADP or NADPH binding; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0015035; F:protein disulfide oxidoreductase activity; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0008430; F:selenium binding; IEA:UniProtKB-KW.
DR   GO; GO:0004791; F:thioredoxin-disulfide reductase activity; TAS:ProtInc.
DR   GO; GO:0045454; P:cell redox homeostasis; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0022900; P:electron transport chain; IEA:UniProtKB-KW.
DR   GO; GO:0007165; P:signal transduction; NAS:ProtInc.
DR   GO; GO:0006810; P:transport; IEA:UniProtKB-KW.

По этим данным опишем функцию заданного белка в таблице:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	С (cellular compound)	2	В цитозоле и ядре
Зачем, для чего?	P (Biological process)	4	транспорт, транспорт по электронной цепи, поддержание окислительного гомеостаза,передача сигнала.
Молекулярный механизм?	F(molecular Function)	3(записи вида ......... activity)	перенос электронов,дисульфид - редуктаза (тип ферментативной активности).
Специфичность?	F(molecular Function)	3(записи вида ........ binding)	возможно связывание с FAD, NADP, NADPH с селеном.

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Протеом Canis familiaris. Результаты поиска в UniProt, 30.03.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	756	(([swissprot-Organism:Canis*] & [swissprot-Organism:familiaris*]) | [swissprot-Organism:Canis familiaris*])
С идентификаторами всех трех онтологий GO	455	((([swissprot-Organism:Canis*] & [swissprot-Organism:familiaris*]) | [swissprot-Organism:Canis familiaris*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:P:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*]))
В том числе цитоплазменных	44	(((([swissprot-Organism:Canis*] & [swissprot-Organism:familiaris*]) | [swissprot-Organism:Canis familiaris*]) & [swissprot-DBxref_:GO:0005737*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:P:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	1	(((([swissprot-Organism:Canis*] & [swissprot-Organism:familiaris*]) | [swissprot-Organism:Canis familiaris*]) & [swissprot-DBxref_:GO:0005737*]) & (((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:P:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & (([swissprot-DBxref_:EXP*] | [swissprot-DBxref_:IDA*]) | [swissprot-DBxref_:TAS*])))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0	В описании единственного найденного белка из хороших доказательств только IDA

 

Комментарии:Хотя белков из данного организма относительно немного, проаннотированы они средне. Нельзя сказать, что очень плохо, так как для большинства указаны какие-либо данные из всех трех онтологий (то есть есть данные и о локации внутри клетки, и о функциях, и о биологическом процессе). Однако хороших (достоверных) доказательств этих свойств очень мало.

Дополнительные задания