Бактерия Candidatus Protochlamydia
Проекты
Первый семестр
Обо мне
ФББ
Фотографии бактерии
 |
 |
Аннотация одной статьи, найденной в PubMed по запросу Candidatus Protochlamydia[TI] "complete genome"[TIAB] 2004:2008[dp].
Название статьи: 'Candidatus Protochlamydia amoebophila', an endosymbiont of Acanthamoeba spp.
Полный текст статьи
| The obligately intracellular coccoid bacterium UWE25, a symbiont of Acanthamoeba spp., was previously identified as being related to chlamydiae based upon the presence of a chlamydia-like developmental cycle and its 16S rRNA gene sequence. Analysis of its complete genome sequence demonstrated that UWE25 shows many characteristic features of chlamydiae, including dependency on host-derived metabolites, composition of the cell envelope and the ability to thrive as an energy parasite within the cells of its eukaryotic host. Phylogenetic analysis of 44 ribosomal proteins further confirmed the affiliation of UWE25 to the 'Chlamydiae'. Within this phylum, UWE25 could be assigned to the family Parachlamydiaceae based on comparative analyses of the 16S rRNA, 23S rRNA and endoribonuclease P RNA genes. The distinct dissimilarities from its closest relative, Parachlamydia acanthamoebae Bn9T (7ћ1, 9ћ7 and 28ћ8 %, respectively), observed in this analysis justify its classification in a new genus. Therefore, the name 'Candidatus Protochlamydia amoebophila' is proposed for the designation of the Acanthamoeba sp. symbiont UWE25 (=ATCC PRA-7). | Облигатная внутриклеточная коккоидная бактерия UWE25, симбионт Acanthamoeba spp., была ранее идентифицирована, как имеющая отношение chlamydiae, которое основывалось на наличие жизненного цикла, подобного chlamydia и на 16S-последовательностью рРНК. Анализ полного генома показал, что UWE25 имеет многие характерные черты chlamydiae, в том числе и зависимость от основопребывающих метаболитов, состав оболочки клетки и способность существовать в качестве энергетического паразита в клетках эукариот. Филогенетический анализ 44 рибосомальных белков еще подтвердил принадлежность UWE25 к "Chlamydiae". В рамках этого типа, UWE25 может быть отнесена к семейству Parachlamydiaceae на основе сравнительных анализов 16S-рРНК, 23S-рРНК и эндорибонуклеидных рРНК генах. Отличия от ближайших родственных существ, Parachlamydia acanthamoebae Bn9T (7ћ1, 9ћ7 and 28ћ8 %, соответственно), являются существенными для отнесения ее в новый род. Таким образом, название "Candidatus Protochlamydia amoebophila" предлагается для назначения его Acanthamoeba sp. symbiont UWE25 (=ATCC PRA-7). |
Геном бактерии был секвенирован для того, чтобы установить наличие родственной связи с классом "Chlamydiae".
Таксономическое описание Candidatus Protochlamydia
- Царство Bacteria
- Класс Chlamydiae
- Порядок Chlamydiales
- Семейство Parachlamydiaceae
- Род Candidatus Protochlamydia
При подготовке последующего материала использована информация со этой страницы.
Геном бактерии Candidatus Protochlamydia состоит из хромосомы.
| Компонент | Хромосома |
| Число белков | 2030 |
| Тип | Кольцевой |
| Длина (п.н.) | 2414465 |
| Средняя длина гена (п.н.) | 978.956 |
| GC состав (%) | 34.7% |
| Суммарная длина генов (%) | 82% |
| Суммарная длина межгенных промежутков (%) | 18% |
| Число генов | 2030 |
Аминокислотный состав:
 |
|
Распределение белков по длине
Частоты встречаемости триплетов
Таблица показывают частоту встречаемости каждого триплета в последовательности ДНК в хромасоме.