Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Анализ деревьев, содержащих паралоги.

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~colin_kondr/term4/nuc_tree.html
Дата изменения: Tue May 22 16:48:05 2012
Дата индексирования: Tue Oct 2 13:34:34 2012
Кодировка: Windows-1251

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям.

CLOB1 CP000726 9282-10783
CLOTE AE015927 8715-10223 (complement)
STRP1 AE004092 17170-18504
STRPN NR_028665 был использован BLAST
LISMO AL591981 99187-100732 (complement)
BACAN AE016879 9335-10841
STAA1 AP009324 531922-533476
STAES AE015929 1598006-1599559 (complement)

Для выравнивания испльзовали muscle. Далее была получина матрица расстояний и использована программа fneighbor с алгоритмом UPGMA.

{CLOB1,CLOTE,STRP1,STRPN,LISMO}vs{BACAN,STAA1,STAES} ветка, которая отличает от правильного дерева. В целом, можно сказать, что дерево получилось достаточно хорошим. Я бы объяснил это консервативностью рибосомной РНК.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги.

Были использованы makeblastdb и blastp для поиска гомологов CLPX_BACSU. Последовательности были выровнены c помощью muscle; дерево построено с помощью fprotdist и fneighbor.

Паралоги:

1)RUBV_LISMO, HSLU_LISMO, CPLX_LISMO. 
2)CLPC_STAES, HSLU_STAES, CPLX_STAES.
3)CLPX_STRPN, FTSH_STRPN.

Ортологи:

1)CPLX_STRP1, CLPX_STRPN, CLPX_STAES....
2)HSLU_STAES, HSLU_STAA1, HSLU_BACAN, HSLU_LISMO.