Алгоритмы реконструкции деревьев.
Укоренение в среднюю точку.
UPGMA выдает уже укорененное дерево, т.к. предполагает молекулярные часы. Метод максимальной экономии не
использует расстояния, поэтому укоренение невозможно.
Укоренение совпало с алгоритмом UPGMA. Данное укоренение неверно относительно общепринятой филогении бактерий, посколько должно было отделить
клостридий от остальных. Однако, ислледование только по одному белку нельзя считать достоверными и укоренение вполне может не совпадать с "природным".
Использование внешней группы.
В качестве внешней группы испльзовался рибосомальный белок RS2 из кишечной палочки (Escherichia coli, ECOLI).
muscle - был использован для выравнивания.
Метод внешней группы дал неверное укоренение, поскольку произвел разбиение на две группы бациллы и клостридий против листерии,
стрептококков и стафиллококков.
Бутстрэп.
+-----------------------------------------------RS2 STAES
|
| +-------RS2 STRP1
| +-----------------100.0-|
| | +-------RS2 STRPN
| |
| +-100.0-| +-------RS2 CLOB1
| | | +-100.0-|
| | | +-100.0-| +-------RS2 CLOTE
| | | | |
+-------| +--70.0-| +---------------RS2 BACAN
| |
| +-----------------------RS2 LISMO
|
+---------------------------------------RS2 STAA1
Было получено другое дерево. Клады с родовыми названиями имеют поддержку 100: правильные ветви с максимальной поддержкой. Дерево схоже с
результатами fprotpars в предыдущем практикуме.
В выходном файле программы fconsense указаны 2 ветви, не получившие большинства: ветвь, противопоставляющая
{RS2 STAES, RS2 STAA1, RS2 LISMO} последовательностям {RS2 BACAN, RS2 CLOTE, RS2 CLOB1, RS2 STRPN,RS2 STRP1}; ветвь
{RS2 LISMO, RS2 STRPN, RS2 STRP1}
против {RS2 STAES, RS2 STAA1, RS2 BACAN, RS2 CLOTE, RS2 CLOB1}. Поддержки этих ветвей составляют 18, 12 соответственно. Эти
ветви не были включены в консенсусное дерево, ни одна из них не является верной.
© Nikolay Kondratev