A- и В- формы ДНК. Структура РНК.

Содержание и формат отчета "Исследование структуры тРНК"

Краткое описание структуры в файле 1o0b.pdb

В файле приведены координаты атомов следующих молекул:
1. Glutaminyl tRNA
2. Glutaminyl-tRNA synthetase
3. Комплекс фермента и РНК выделен из E.Coli.

Для исследования была выбрана цепь B, представляющая глутаминил тРНК со следующей последовательностью:


[902] 5' - UGGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA - 3' [976],

где 902 и 976 - номера первого и последнего нуклеотида.
В последовательности на 3'-конце есть триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота. Для нее приведены координаты атомов.

Исследование вторичной структуры

С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями (Link). В соответствии с полученными данными
акцепторный стебель состоит из участка 902-907 и комплементарного ему участка 966-971.
Т-стебель из участка 949-953 и комплементарного 961-965
D-стебель 910-912 и 923-925 соответственно
антикодоновый стебель 937-944 и 926-933


Рис.1. Вторичная структура глутаминил-тРНК из E.Coli	Скрипт для получения изображения
	restrict RNA background white colour black center RNA wireframe off backbone 60 select 902-907, 966-971 colour red select 949-953, 961-965 colour green select 910-912, 923-925 colour blue select 937-944, 926-933 colour orange select 934-936 backbone off wireframe 70 cpk 150 color cpk

Структуру стеблевых дуплексов поддерживают 28 канонических и 8 неканонических пар оснований.

Пара урацил - урацил.

а)Вариабельная петля (934-937);
b)нет остатка тимидина в Т-петле;
c)нет дигидроуридинов в D-петле ;


Исследование третичной структуры

1. Всего 27 взаимодействий. Наибольшее перекрывание в 20 позицие.

Взаимодействие между акцепторным и Т-стеблем на 6 позицие. 2.
Дополнительные взаимодействия между D и Т стеблями: 915-948 (каноническая) и 913-945 (неканоническая)

Предсказание вторичной структуры тРНК

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1O0B.pdb

Анализ данных, полученных при работе mfold