Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~colin_kondr/term1/3Dstructure.html
Дата изменения: Mon Nov 22 18:05:18 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 14:40:32 2012
Кодировка: Windows-1251
Пространственная структура

Пространственная структура OBG_BACSU

Пространственная структура OBG_BACSU (PDB ID 1LNZ)

Заголовок структуры:
CELL CYCLE (клеточный цикл)
Название структуры:
STRUCTURE OF THE OBG GTP-BINDING PROTEIN (Структура ГТФ-связывающего белка)
В документе представлены следующие цепи макромолекул:
 
Идентификатор цепи Число остатковНазвание молекулыКомментарии
A342SPO0B-ASSOCIATED GTP-BINDING PROTEIN 
B342SPO0B-ASSOCIATED GTP-BINDING PROTEIN 

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
 
IDНазваниеФормулаЧисло молекулКомментарии
MSESELENOMETHIONINE (селенметионин)C5 H11 N O2 SE20 
MGMAGNESIUM ION (ион магния)MG 2+7 
G4PGUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE (гуанозин-5',3'-тетрафосфат)C10 H17 N5 O17 P41 

Изображения OBG_BACSU.


Все компоненты.

Голубой и желтый - остов цепей белка, синий - вода,серый - ионы магния, зеленый - селенметионин. Ссылка на скрипт: Exercise11

Концевые атомы

Два карпа Кои.


Задачи.
  • Аппроксимируем третичную структуру одной цепи белка цилиндром.
    Расстояние N ARG252- CB VAL28 обозначим h(цилиндра) h=109,59A
    Расстояние CG1 Val224- CB ALA290 обозначим d(основания цилиндра) d=50,95A
    V=h*pi*(d/2)^2
    V=223434(A)^3
    V(molecule)=2(цепи)*V=446868(A)^3
    V(cell)=1,57(micro m)^3=1,57=1,57*10^12(A)^3
    Количество молекул белка V(cell)/V(molecule)=3,5*10^6
  • N(proteins)/n(type of proteins)= 3,5*10^6/4400=795(molecules)
  • Средняя длина волны света 600(nm)
    Предел разрешения 300(nm)
    Площадь видимого объекта 9*10^4(nm)^2=9*10^6(A)^2
    Площадь проекции белка (прямоугольником) 95,62*54,22=5185(A)^2
    Количество молекул белка, образующих объект 1735

    • Различия изображения аминокислот.


    Различие в моделях аминокислот можно объяснить, тем что слева рисунок одной аминокислоты, а с справа рисунок аминокислотного остатка из белка.
    Также в белке на расположение атомов влияют атомы соседних остатков.

    © Nikolay Kondratev