Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~contradiction/term2/tree.htm
Дата изменения: Tue May 16 19:56:45 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 11:39:00 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Деревья | ||||
Построение дерева по алгоритму UPGMA Для выполнения этого задания я пользвался выравниванием файла benchmark.msf, посмотреть которое можно -->здесь<-- . Также мною была создана -->матрица попарных совпадений<-- В меню конфигурации программы GeneDoc (кнопки Reports>Configure reports) я оставил галочки против пунктов "Show calculations for Exact matches" и "Show results as percent values". Затем получил матрицу (Reports>Statistics Report). Была создана книга -->upgma.xls<-- Скобочная структура получилась такая: ((((DAPB2_RHIME:23.5,DAPB1_RHILO:23.5):16.75,DAPB_HELPY:40.25):1.75, G3P_PYRAB:42):2.25,DAPB_CLOTE:44.25); Сравнение двух изображений дерева, построенных по алгоритму UPGMA. В итоге я получил два графических файла с помощью программ drawtree и drawgraм. Изначально скобочная запись этих деревьев не отличаеся, однако на первом рисунке мы видим нечто, похожее на солнце, то есть не видно корня. Два ребра, соединяющиеся одним узлом примыкают к третьему ребру с помощью еще одного ребра и узла - всего узлов 3. Есть подписи На втором рисунке информация более структурирована. тут отчетливо видны узлы, ребра и подписи.Отличие состоит в том, что программа drawtree выдает нам своего рода рисунок - а программа drawgram выдает диаграммированную схему. По моему мнению по рисунку 1 легче представлять себе реальнуюю картину, а по второму рисунку легче проследить эволюцию. Предположительный сценарий эволюцииВ данном случае лучше вести описание "снизу". Так, согласно полученным данным, DAPB2_RHIME и DAPB1_RHILO имеют общего предка "A", а этот предок и DAPB_HELPY имеют общего предка "В", который в свою очередь имеет гипотетически общего предка с G3P_PYRAB, который имеет общего предка с DAPB_CLOTE. Однако, не думаю, что это дерево на самом деле укорененное. Скорее оно позволяет смотреть, насколько далеко располагаются последовательности. Не думаю, что во всех случаях это такое дерево реально отражает наличие общих предков и родственные связи белков.Дерево, построенное по методу ближайших соседейПрограмма выдала следующую скобочную структуру: ( ( ( DAPB1_RHILO:0.25520, DAPB2_RHIME:0.20749) :0.14718, DAPB_HELPY:0.40836) :0.05597, DAPB_CLOTE:0.43948, G3P_PYRAB:0.37534); Есть незначительные отличия в сценариях эволюции. Так предок "В", G3P_PYKAB и DAPB_CLOTE отщепились одновременно. Второй метод показался мне быстрее, так как не пришлось самому делать матрицу расстояний. |