Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~contradiction/term2/benchmark_aln.htm
Дата изменения: Tue May 2 18:42:43 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 15:01:09 2012
Кодировка: Windows-1251
Сравнение выравниваний: ClistalW и SMART

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART


Это выравнивание было получено мною с помошью SMART, насколько можно заметить, встречается относительно немаленькое количество "колонок совпадения", в которых присутствуют гомологичные аминокислоты. Я выбрал наиболее интересный блок выравнивания, содержащий как "колонки совпадения" с гомологичными, так и с совпадающими аминокислотами, находящиеся рядом и те, что находятся на расстоянии. Я считаю этот блок хорошим показателем, так как скорее всего программа проведет выравнивание совершенно по-другому и будет интересно посмотреть на различия.

                                                                                                                                                                                                 
                                  |       1 0         |       2 0         |       3 0         |       4 0         |       5 0         |       6 0         |       7 0         |                  
D A P B 1 _ R H I L   :   M G L V V V G A A G R M G Q T L I R A I H T - I P G A R V I G A V E R A D - - S P H L G K D A G - - - - - - - - E L A G I G - I I N V P I G D D P L P V F A K   :   6 7
D A P B 2 _ R H I M   :   M R L V V V G A A G R M G R T L I K A I A E - N P G C M L S G A V E R P G - - S A A V G Q D A G - - - - - - - - F V A G M A - S C G V L V T D E P G S A F A E   :   6 7
D A P B _ C L O T E   :   V R I M L V G C N G K M G R I I T H C S K D - F N D I E I V A G V D K S S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - T S N L D F P V F E N I H S S S V E   :   5 4
D A P B _ H E L P Y   :   M K I G V Y G A S G R I G K L L L E E L K G G Y K G L A L S S V F V R Q K - - C E T D F S S F - - - - - - - - - - - - - - - - S H A P L V T N D L K A F V R A   :   6 1
G 3 P _ P Y R A B _   :   V K V G V N G Y - G T I G K R V A Y A I T K - Q D D M E L V G V V K T K P D F E A Y R A K E L G I P V Y A A N E E F L S R F E S V G F E V E G T L N D L L E K   :   7 7
                          6   6   6   G     G   6 G     6                         6       v                                                                       6                              

Это выравнивание сделано с помощью программы ClustalW, выделен участок блока для каждого белка. Поразило то, что программа не нашла ни одной колонки совпадения вообще. Поначалу подумал, что произошла ошибка, однако ее не оказалось. Ответ на вопрос:"Почему так получилось?" очевиден - предыдущее выравнивание было ручной работой. То есть можно сделать вывод о том, что пользоваться программой ClustalW нужно очень осторожно, а если в SMART есть необходимое выравнивание - то использовать его.

                                                                                                                                                                                                     
                                  |       1 0         |       2 0         |       3 0         |       4 0         |       5 0         |       6 0         |       7 0         |       8 0            
D A P B 1 _ R H I L   :   - - - - - - M S E A G D M G L V V V G A A G R M G Q T L I R A I H T I P G A R V I G A V E R A D S P H L G K D A G E L A G I G I I N V P I G D D P L P V F A K A   :     7 4
D A P B 2 _ R H I M   :   - - - - - - - - - M S Q M R L V V V G A A G R M G R T L I K A I A E N P G C M L S G A V E R P G S A A V G Q D A G F V A G M A S C G V L V T D E P G S A F A E A   :     7 1
D A P B _ C L O T E   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - M E V Y L M V R I M L V G C N G K M G R I I T H C S K D F N D I E I V A G V D K S S T S N L D F P V F E N - I H S S S V E C   :     6 1
D A P B _ H E L P Y   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K I G V Y G A S G R I G K L L L E E L K G G Y K G L A L S S V F V R Q K C E T D F S S F S H A P L V T N D L K A F V R A C   :     6 2
G 3 P _ P Y R A B     :   M K V K V G V N G Y G T I G K R V A Y A I T K Q D D M E L V G V V K T K P D F E A Y R A K E L G I P V Y A A N E E F L S R F E S V G F E V E G T L N D L L E K V   :     8 0
                                                                                                                                                                                                     
                                                                                                                                                                                                     
                                  |       9 0         |     1 0 0         |     1 1 0         |     1 2 0         |     1 3 0         |     1 4 0         |     1 5 0         |     1 6 0            
D A P B 1 _ R H I L   :   D G V L D F T T P A S S V E F A G Y A A Q A R I V H V I G T T G C S A D D N A R I A A A A R H A T I V K S G N M S L G V N L L A V L V E Q A A R A L D A D D F D   :   1 5 4
D A P B 2 _ R H I M   :   D G V L D F T T P D A T A E Y S S L A A Q V G I V H V V G T T G M E P V H F S K L V R A A R T I P V V Q S G N M S L G V N I L A A L V Q K V A A I L D K - E W D   :   1 5 0
D A P B _ C L O T E   :   D V V L D F S R P S S L K S L I S Y C T E K K L P L V L C T T G Y S K E E L N L I E E T S K N I P I F K S A N M S I G I N V I N - S L L K D I S K K L Y K D F D   :   1 4 0
D A P B _ H E L P Y   :   E C V I D F S L P K G V D N L L E A L L E C P K I L V S G T T G L E K E T L E K M Q Q L A L K A P L L H A H N M S I G I M M L N - Q L A F L T S L K L - K D A D   :   1 4 0
G 3 P _ P Y R A B     :   D V I V D A T P G G V G A K N K P L Y E K A G V K A V F Q G G E K A N V A E V S F V A Q A N Y E K A L G K S Y V R V V S C N T T G L V R T L N A I R E Y A D Y V   :   1 6 0
                          d   6 6 D f 3   p                                   V     t t g                         a                   n 6 s 6 g               6                     d   d            
                                                                                                                                                                                                     
                                  |     1 7 0         |     1 8 0         |     1 9 0         |     2 0 0         |     2 1 0         |     2 2 0         |     2 3 0         |     2 4 0            
D A P B 1 _ R H I L   :   I E I L E M H H K H K V D A P S G T A L L L G E A A A A G R G I A L A G N D V R S R D G H T G V R K T G S I G F A T L R G G S V V G D H S V I L A G T G E R I T   :   2 3 4
D A P B 2 _ R H I M   :   I E V L E M H H R M K V D A P S G A A L L L G E A A A S G R Q T I L S D H Y V A G R D G Y T G C R T V G T I G F A P C A G X - V V G D H K V V F A G A G X R I E   :   2 2 9
D A P B _ C L O T E   :   I E I I E K H H N Q K V D S P S G T A L L L A D T I K D N V P E K L E Y I Y G R S G - - - H S K R T K N E I G I H A I R G G S I V G D H D V I F A G I G E C I E   :   2 1 7
D A P B _ H E L P Y   :   I E I I E T H H N L K K D I P S G T A L S L Y E T C A K A R G Y D E K N A L I T H R - - - E G L R S K E S I G I A A L R G G D V A G K H T I G F Y L E G E Y I E   :   2 1 7
G 3 P _ P Y R A B     :   Y A V M I R R A A D P N D I K R G P I N A I K P S V E V P S H H G P D V Q T V I P I N I E T M A F V V P T T I M H V H S V M V E L K K P L T R E D V I D I F E N   :   2 4 0
                          i e 6 6 e   h h     k   D   p s G   a l   6                                                     r         i g           g         g   h               g     i              
                                                                                                                                                                                                     
                                  |     2 5 0         |     2 6 0         |     2 7 0         |     2 8 0         |     2 9 0         |     3 0 0         |     3 1 0         |     3 2 0            
D A P B 1 _ R H I L   :   L S H H A E D R A I F A R G A V K A A L W A R G K K P G L Y S M R D V L G L S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :   2 7 3
D A P B 2 _ R H I M   :   L S H I A E D R S L F A Q - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :   2 4 2
D A P B _ C L O T E   :   I K H T A I S R E V F A I G A L K A S A F M K G K P S G M Y N M D C M L N S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :   2 5 5
D A P B _ H E L P Y   :   L S H T A T N R S I F A K G A L E V A L W L K D K A A K K Y E I N E M F G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :   2 5 4
G 3 P _ P Y R A B     :   T T R V L L F E K E K G F E S T A Q I I E F A R D L H R E W N N L Y E I A V W K E S I N V K G N R L Y Y I Q A V H Q E S D V V P E N V D A I R A M F E L A D K E   :   3 2 0
                              h   a     r     f a                                                                                                                                                    
                                                                 
                                  |     3 3 0                    
D A P B 1 _ R H I L   :   - - - - - - - - - - - - - -   :       -
D A P B 2 _ R H I M   :   - - - - - - - - - - - - - -   :       -
D A P B _ C L O T E   :   - - - - - - - - - - - - - -   :       -
D A P B _ H E L P Y   :   - - - - - - - - - - - - - -   :       -
G 3 P _ P Y R A B     :   E S I K K T N K S L G I L K   :   3 3 4