На главную страницу третьего семестра

Контрольная работа "Аннотация".

1. Была выбрана программа blastx из пакета blastall, поскольку на вход подается последовательность нуклеиновой кислоты из файла knp_fragment.fasta, содержащий нужный участок из генома бактерии Klebsiella pneumoniae. Тип пробы - нуклеиновая кислота, поиск в БД белков, поскольку индексированные файл содержит протеом.
   
2. Гипотетические гены во фрагменте 415983 - 4164583.
   3`---[<=P41795 19815-21002]---------------------[<=O06961 9249-10457]--5`
   5`----[=>P63411 4022-5224]-[=>Q9XDN0 13552-14666]--[=>P0A1D1 162499-16599]--[=> Q9XDM6 16604-17056]--[=> P74879 17056-18255]---3`
   
3. При выполнении заданаия использовлось:
   - команда seqret для выделения фрагмента последовательности (seqret knp_genome.fasta -sask)
   - команда formatdb для индексирования файла salty_proteome.fasta (formatdb -i salty_proteome.fasta -p T -n st)
   - программа blastx из пакета blastall ( blastall -p blastx -d st -i knp_fragment.fasta -o salty.fasta -e 0.001)
   - поиск на сайте http://srs.ebi.ac.uk (Q9XDM9| P74879| Q9XDN0| Q9XDM8| O06961|P63411|Q9XDM6 |P0A1D1| Q8ZP45 |P41795)