Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~cherry1989/term3/Protocol8.html
Дата изменения: Sun Nov 9 05:03:13 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 13:23:13 2012
Кодировка: Windows-1251

Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

1.Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

formatdb

formatdb -i pm_genome.fasta -p f -n pme

blastall -p tblastn -d pme -i trmd_ecoli.fasta -o result_pme.txt -e 0.001

Поиск гомологов белка TRMD_ECOLI в геноме P.multocida

Число находок с Е-value<0,001		1
Характеристика лучшей находки:
	E-value находки	e-112
	AC соответствующей записи EMBL	AE006168
	Координаты выравнивания в записи EMBL	7219-7953
	Координаты CDS в записи EMBL	7219-7956
	AC UniProt для этого CDS	Q9CLE1

2.Поиск сразу в нескольких геномах участков, кодирующих белки, похожие на заданный

sobaka=/home/export/samba/public/y07/Term3/EMBL

genomes="$sobaka/st_genome.fasta $sobaka/xc_genome.fasta $sobaka/pm_genome.fasta"

formatdb -i "$genomes" -p f -n all

blastall -p tblastn -d all -i trmd_ecoli.fasta -o 3_out.txt -e 0.001

Число находок с Е-value<0,001		3
Видовое название организма:	Salmonella typhimurium LT2	Pasteurella multocida	Xanthomonas campestris
E-value находок	e-136	e-112	6e-69
AC соответствующих записей EMBL	AE008821	AE006168	AE012219
Координаты выравниваний в записи EMBL	14171-13407	7219-7953	3879-4628
Координаты CDS в записи EMBL	13404-14171	7219-7956	3873-4631
AC UniProt для этого CDS	P36245	Q9CLE1	Q8PBC1

3. Поиск гомологов с помощью программы BLASTN

gene_trmd_ecoli.fasta

blastall -p blastn -d all -i gene_trmd_ecoli.fasta -o all_blastn.txt -e 0.001

>AE008821 AE006468 |AE008821| Salmonella typhimurium LT2, section 125 of
             220 of the complete genome.
          Length = 21387

 Score =  406 bits (205), Expect = e-113
 Identities = 238/249 (95%)
 Strand = Plus / Minus

                                                                         
Query: 7     attggcataattagcctgtttcctgaaatgttccgcgcaattaccgattacggggtaact 66
             ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 14165 attggcatagttagcctgtttcctgaaatgttccgcgcaattaccgattacggggtaact 14106

                                                                         
Query: 67    ggccgggcagttaaaaatggcctgctgagcatccagagctggagtcctcgcgacttcacg 126
             ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct: 14105 ggccgggcagtaaaaaaaggcctgctgaacatccaaagctggagtcctcgcgacttcgcg 14046

                                                                         
Query: 127   catgaccggcaccgtaccgtggacgatcgtccttacggcggcggaccggggatgttaatg 186
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 14045 catgaccggcaccgtaccgtggacgaccgtccttacggcggcggaccggggatgttaatg 13986

                                                                         
Query: 187   atggtgcaacccttgcgggacgccattcatgcagcaaaagccgcggcgggtgaaggcgca 246
             ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| 
Sbjct: 13985 atggtgcaacccttgcgggacgccattcacgcagcaaaagccgcggcaggtgaaggcgct 13926

                      
Query: 247   aaggtgatt 255
             || ||||||
Sbjct: 13925 aaagtgatt 13917

annotation.txt

Число находок с Е-value<0,001		2
Видовое название организма		Salmonella typhimurium LT2	Pasteurella multocida
	E-value находки	e-113	4e-05
	AC соответствующей записи EMBL	AE008821	AE006168
	Координаты выравниваний в записях EMBL	14165-13917	7363-7445
	Координаты CDS в записи EMBL	13404-14171	7219-7956
	AC UniProt для этого CDS	P36245	Q9CLE1

blastn

tblastn

blastn

tblastn

Третий семестр