Работа в командной строке Linux.
Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS
1.Посредством программы "Putty" я зашла на машину kodomo-count.cmm.msu.ru.
В результате выполнения команды "ls" на экран была выведена информация о
текущей директории:
Documents and Settings Profile Term2 public_html
PUTTY.RND Term1 pdb1aof.ent winscp.RND
При вводе "ls .." был осуществлен выход из указанной поддиректории в родительскую
директорию, где имелся список содержащихся там поддиректорий:
aelita entian krasniimak89 molotok step_vita
alisikfox90 franzlutzov lesiad nrar svetra
asya17_0456 jane_tikhonova lile4ka pashtetbor terekhanova
bennigsen jene4ka_13 loontic plazmoliz ushaloxstii314
cherry1989 jimsonweed89 lupus robo_tema
da_shal kiraly manyashka scorper
desislava kolesnikova mashunia silwer
Выполнением команды "cd .." был произведен выход из указанной
выше директории,
что в командном окне отобразилось в виде
/home/students/y07$
Если же за этим выполнить команду "ls", то в окне будет отображено содержимое
текущей директории:
aelita entian krasniimak89 molotok step_vita
alisikfox90 franzlutzov lesiad nrar svetra
asya17_0456 jane_tikhonova lile4ka pashtetbor terekhanova
bennigsen jene4ka_13 loontic plazmoliz ushaloxstii314
cherry1989 jimsonweed89 lupus robo_tema
da_shal kiraly manyashka scorper
desislava kolesnikova mashunia silwer
При повторении пары команд "cd .." и "ls", были осуществлены последовательные
переходы в вышестоящие директории с показом их содержимого:
1.other school y02 y03 y04 y05 y06 y07
2.admin export genome hdb1 old-pvm preps students
3.bin cdrom etc initrd media no-backup opt root srv tmp var
boot dev home lib mnt nohome proc sbin sys usr
После вывода последней записи при дальнейшем вводе тех же команд новая информация в окне не отображалась, из чего можно сделать вывод,
что данная директория является директорией самого высокого уровня.
Выполнение команды "cd" привело в возвращению в исходную домашнюю директорию.
После ввода "pwd", на экран было выведено ее полное имя:
/home/students/y07/cherry1989
Мной была приведена в активное состояние директория Practice5. При просмотре ее
содержимого при помощи команды "ls" был найден файл Protocol5.
2.Имея в качестве активной директории Practice5, мной была выполнена
следующая команда:
В результате выполнения "more trmd_ecoli.fasta" в окне появилось
содержимое указанного файла (название белка и его последованельность):
>TRMD_ECOLI P0A873 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.31)
(M1G- methyltransferase) (tRNA [GM37] methyltransferase).
MWIGIISLFPEMFRAITDYGVTGRAVKNGLLSIQSWSPRDFTHDRHRTVDDRPYGGGPGM
LMMVQPLRDAIHAAKAAAGEGAKVIYLSPQGRKLDQAGVSELATNQKLILVCGRYEGIDE
RVIQTEIDEEWSIGDYVLSGGELPAMTLIDSVSRFIPGVLGHEASATEDSFAEGLLDCPH
YTRPEVLEGMEVPPVLLSGNHAEIRRWRLKQSLGRTWLRRPELLENLALTEEQARLLAEF
KTEHAQQQHKHDGMA
Была выполнена команда entret sw:p0A873 -auto.
После ввода команды "ls"
в окне появился список файлов, содержащихся в директории Practice5, среди
которых оказался новый файл trmd_ecoli.entret
В результате выполнения команды
"more p0A873", в окне Putty появилась часть содержимого данного файла. Новый
файл, являясь записью из банка Swiss-Prot, содержит информацию о
последовательности белка.
3.Некоторые способы облегчения работы в командной строке
- При нажатии ↑ и ↓ осуществляется пролистывание введенных ранее команд.
(Очень полезная вещь. Жаль, что я не сразу об этом не узнала)
- В результате выполнения команды "history" в окне появился список
команд, введенных мной в командную строку Putty как в ходе последнего, так и
в течении предыдущих сеансов.
- В директории Term2 мной был выбран файл Results_Block1.xls. В результате
выполнения команды "more R" и последующего нажатия клавиши ,
в командной строке появилось полное название файла.
4.Программа полного парного выравнивания needle
needle trmd_ecoli.fasta trmd_haedu.fasta ecolihaedu.needlec -auto
В результате этого в директории Practice5 появился файл ecolihaedu.needle
При помощи команды more ecolihaedu.needle был осуществлен просмотр его содержимого,
коим оказалось полное парное выравнивание (алгоритм Нидельмана - Вунша) белков
TRMD_ECOLI и TRMD_HAEDU.
needle trmd_ecoli.fasta trmd_haedu.fasta elihadu.needle
Мной были установлены следующие размеры штрафов:
Gap_penalty: 20.0
Extend_penalty: 1.0
При изменении параметров изменилось и выданное программой выравнивание,
что отразилось и в изменении процентов сходства и идентичности.
При стандартных штрафах за гэпы (gap penalty=10; extend penalty=0.5)
были получены следующие данные:
Identity: 191/259 (73.7%)
Similarity: 219/259 (84.6%)
Score: 1012.5
При измененных штрафах (gap penalty=20; extend penalty=1):
Identity: 188/259 (72.6%)
Similarity: 217/259 (83.8%)
Score: 998.0
GeneDoc
Мной в командное окно Putty была введена команда
needle trmd_ecoli.fasta trmd_haedu.fasta ecolihaedu.msf -aformat msf
В результате этого в директории Practice5 появился файл ecolihaedu.msf
Второй семестр
©Черниогло Елена