Выравнивание последовательностей

Обязательные задания:

1.Мной была выровнена пара последовательностей, в результате чего были получены следующие результаты:

Процент идентичности:85%
                                              
Процент сходства:85%

Выравнивание было сохранено под именем alignment1.msf

2.Было осуществлено выравнивание предложенной последовательности seq1 с последовательностью белка TRMD_ECOLI с помощью программы "bl2seq", в результате чего были определены координаты последовательности seq1 в полной последовательности белка:

Координаты в последовательности TRMD_ECOLI: 78-96
Координаты последовательности seq1: 1-19 

Выданный программой результат сохранен в файле wblast2.cgi.htm

3.Мной было проведено выравнивание моего белка TRMD_ECOLI(AC P0A873) 
с предложенным белком TRMD_HAEDU(AC Q7U331), в результате чего были получены 
следующие данные:
процент идентичности:75%
процент сходства:87%
число гэпов:4/248(1.61%)
название организма:Escherichia coli K12 для TRMD_ECOLI 
                   Haemophilus ducreyi для TRMD_HAEDU
координаты выровненных участков: 
1.TRMD_ECOLI: 1-60
  TRMD_HAEDU: 1-60
2.TRMD_ECOLI: 61-116                                  
  TRMD_HAEDU: 61-120                                   
3.TRMD_ECOLI: 117-176                                 
  TRMD_HAEDU: 121-180                                 
4.TRMD_ECOLI: 177-236                                 
  TRMD_HAEDU: 181-240                                 
5.TRMD_ECOLI: 237-244                                             
  TRMD_HAEDU: 241-248 

Карта локального сходства сохранена в файле bl2bag.cgi.gif

Дополнительные задания

1.Было осуществлено импортирование последовательностей белков TRMD_ECOLI и TRMD_HAEDU в GenDoc и вручную проведено их выравнивание. Результаты сохранены в документе alignment2.msf.

2.При изменении отдельных параметров при анализе белков TRMD_ECOLI и TRMD_HAEDU были получены следующие результаты:

gap extension=1: Score =  380 bits (976),  Expect = 7e-104
                      Identities = 185/248 (74%), Positives = 214/248 (86%), Gaps = 4/248 (1%)
gap extension=2: Score =  420 bits (972),  Expect = 1e-115
                 Identities = 185/248 (74%), Positives = 214/248 (86%), Gaps = 4/248 (1%) 
gap open=12: Score =  402 bits (975),  Expect = 3e-110
             Identities = 185/248 (74%), Positives = 214/248 (86%), Gaps = 4/248 (1%) 
gap open=10: Score =  347 bits (977),  Expect = 3e-94
             Identities = 185/248 (74%), Positives = 214/248 (86%), Gaps = 4/248 (1%)
matrix PAM70: Score =  518 bits (1227),  Expect = 3e-145
              Identities = 188/254 (74%), Positives = 214/254 (84%), Gaps = 9/254 (3%)  
matrix BLOSSUM80: Score =  454 bits (1044),  Expect = 8e-126
                  Identities = 188/254 (74%), Positives = 215/254 (84%), Gaps = 9/254 (3%)
matrix BLOSSUM62: Score =  380 bits (976),  Expect = 7e-104
                  Identities = 185/248 (74%), Positives = 214/248 (86%), Gaps = 4/248 (1%)