Pfam и InterPro

Семейства доменов

Доменная организация белка TRMD_ECOLI

Упражнение 1. Описание доменной организации белка TRMD_ECOLI при помощи БД Pfam:

• Схематическое изображение доменной структуры TRMD_ECOLI (идентификатор Pfam PF01746): 
  
  

• Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре TRMD_ECOLI (идентификатор в PDB - 1P9P):
  
  
  На представленной схеме и картинке с пространственной струртурой TRMD_ECOLI участок, соответствующий домену 
  tRNA_m1G_MT, окрашен в зеленый цвет. Оставшаяся часть цепи, не входящая в исследуемый домен, окрашена в 
  серый цвет. Лиганд SAH (S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE) представлен в модели cpk.  
  

• Домены в последовательности TRMD_ECOLI (идентификатор в PDB - 1P9P):

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности TRMD_ECOLI
PF01746	tRNA_m1G_MT	тРНК (Гуанин-1)-метилтрансфераза	22-221

Описание N-концевого домена белка TRMD_ECOLI

•  Данный домен принадлежит семейству тРНК (Гуанин-1)-метилтрансфераз (PF01746).В E.coli он катализирует реакцию 
  метилирования гуанозина (G), превращая его в N1-метилгуанин в позиции 37 тРНК, узнающей кодоны CUN (лейцин), 
  CCN(пролин), and CGG (аргинин). Присутствие m1G увеличивает скорость клеточного роста, а также предотвращает 
  сдвиг рамки считывания. 

• Организмы, в которых найдены белки с доменами PF01746: 
              
  
  
              
   
                
   
                  
  Таксон
  
                
                
   
                  
  Количество белков с доменом PF01746
                
              
              
   
                
  Эукариоты
  
                
  Растения
  
                
  4
              
              
   
                
  Грибы
                
  21
              
              
   
                
  Животные
  
                
  47
              
              
   
                
  Бактерии
                
   
                
  541
              
              
   
                
  Археи
  
                
   
                
  16
              
            
  
          

• Краткие ответы на вопросы:

  Всего известно 656 белков с доменами, имеющими в Pfam идентификатор PF01746 
  Домен с идентификатором PF01746 чаще встречается в белках один, нежели в сочетании с другими доменами:
  
  
  Случаи дупликации домена неизвестны
  Случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF01746 также неизвестны

Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности TRMD_ECOLI по данным БД InterPro :

• Картинка с изображением всех подписей в белке TRMD_ECOLI:
  
  
  На данной картинке изображена доменная структура белка TRMD_ECOLI с точки зрения различных баз данных.

• Мотивы в белке TRMD_ECOLI по данным БД InterPro:
  
          
  
  
          
   
            
   
              
  Название подписи
            
            
   
              
  Положение в последовательности TRMD_ECOLI
            
            
   
              
  Полное название базы данных
  
            
            
   
              
  * Название 
                организации, поддерживающей данную БД.
            
            
   
              
  * Город 
                и страна
            
  
          
  
          
   
            
   
              
  tRNA_mtase
            
            
   
              
  1 - 252
            
            
   
              
  Protein Information Resource
  
            
            
   
              
  Georgetown University Medical Center
            
            
   
              
  Вашингтон, США
            
          
  
          
   
            
  trmD
  
            
  1 - 240
            
  Comprehensive Microbial Resource
            
  J. Craig Venter Institute
            
  г.Роквилль
          
   
            
  tRNA_m1G_mtfrase
  
            
  30 - 225
            
  ProDom
            
   PRABI
  Pole Rhone-Alpins de BioInformatique
            
  г.Виллеурбанн, Франция
          
   
            
  tRNA_m1G_MT
  
            
  22 - 221
            
  Pfam
            
  Wellcome Trust Sanger Institute
            
  г.Лондон, Великобритания
          
   
            
  G3DSA:1.10.1270.20
  
            
  170 - 254
            
  CATH Protein Structure Classification
            
   
            
  Великобритания
          
   
            
  G3DSA:3.40.1280.10
  
            
  1 - 160
            
  CATH Protein Structure Classification
            
   
            
  Великобритания
          
   
            
  SSF75217
  
            
  1 - 250
            
  Superfamily
            
  Medical Research Council
            
  г.Лондон, Великобритания