|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~cherry1989/term2/Protocol10.html
Дата изменения: Wed May 21 19:17:27 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 13:56:08 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Для дальнейшего исследования был выбран фрагмент множественного выравнивания длиной 20 а.о., полученного на прошлом занятии: fragment.html Выбранный фрагмент, не содержащий гэпов, был экспортирован в формате FASTA в текстовой файл part2.txt. Были созданы 3 паттерна, проведен поиск последовательностей банка Swiss-Prot, включающих мотивы, соответствующие каждому из полученных паттернов. В результате поиска были получены следующие данные:
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | D-S-V-S-R-F-I-P-G-V-L-G-H-E-A-S-A-T-E-D | 14 | Нет, найдена лишь последовательность TRMD_ECOLI |
| Сильный | D-[SGA]-[IVL]-[IASTV]-R-[RLFQ]-[LI]-P-[DNEG]-[AIVS]-[ML]- [SGN]-[DNAH]-[EDKAV]-[QKEADG]-S-[HAV]-[IEVQT]-[QE] |
60 | Да |
| Слабый | D-x(3)-R-x-[LI]-P-x(2)-[ML]-x(4)-S-x(2)-[QE]-D | 124 | Да |
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования протеин киназы C | паттерн | [ST] - x - [RK] (S or T is the phosphorylation site) |
неспецифична | 2 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования казеин киназы II | паттерн | [ST] - x(2) - [DE] (S or T is the phosphorylation site) |
неспецифична | 9 |
| PS00007 | TYR_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования тирозин киназы | паттерн | [RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y (Y is the phosphorylation site) |
неспецифична | 1 |
| PS00008 | MYRISTYL | Сайт N-миристоилирования | паттерн |
G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] -
{P}
(G is the N - myristoylation site) |
неспецифична | 1 |
| PS00009 | AMIDATION | Сайт амидирования | паттерн | x - G - [RK] - [RK] (x is the amidation site) |
неспецифична | 1 |
C помощью программы prophecy на основе файла part2.txt была построена матрица PSSM, сохраненная в файле part2.prophecy В результате использования программы profit был получен файл part2.profit При просмотре содержимого полученных файлов было установлено, что программа prophecy строит матрицу частот аминокислотных остатков, а программа profit выдает вес последовательностей по полученной матрице PSSM. Наибольший вес имеет последовательность TRMD_PSEA7 (95%).