- Поиск последовательностей белка-прототипа в PDB и Uniprot:
Последовательность из Uniprot с AC P04191 была найдена на сайте Uniprot. Последовательность белка из PDB с AC 1SU4 была получена на сайте PDB и скачана по ссылке FASTA Sequence. - Сравнение полученных последовательностей в GeneDoc:
В результате сравнения последовательностей было установлено, что они отличаются лишь своим концевым участком в 8 аминокислот:
- При помощи needle было построено парное выравнивание
В результате было установлено следующее:
Aligned_sequences: 2 1: Q5U3A4_DANRE 2: SEQUENCE Matrix: EBLOSUM62 Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5 Length: 1005 Identity: 844/1005 (84.0%) Similarity: 930/1005 (92.5%) Gaps: 11/1005 ( 1.1%) Score: 4439.0
- По идентификатору PDB 1SU4 белка-прототипа было найдено описание ориентации белка в мембране в БД OPM.
В результате в файле marking.msf ниже последовательности прототипа была
добавлена последовательность с названием "OPM" с разметкой ТМ сегментов.
Позиции мембранных сегментов были
обозначены буквой "Н", позиции цитоплазматических петель знаком "+", остальные - знаком "-".
Разметка мембранных сегментов на выравнивании
Предсказание топологии заданного белка с помощью наиболее популярной программы (TMHMM)
С помощью сервера TMHMM была предсказана топология заданного белка Q5U3A4К последовательностям в файле marking.msf была добавлена еще одна искусственная последовательность("TMHMM"), отражающаю результаты данного предсказания.
К готовому выравниванию применялась следующая раскраска:
Фиолетовый - позиции одинаково предсказанных а.к. мембраны
Светло-желтый - позиции одинаково предсказанных а.к. цитоплазматических петель
Серый - выровненные остатки белка-прототипа и заданного белка
Розовый - позиции одинаково предсказанных оставшихся а.к.
Полученное выравнивание также было сохранено в виде текстового файла формата Clustal
Оценка качества предсказания
Результаты предсказания топологии мембранного белка Q5U3A4| Число а.к. остатков | |
| Всего а.к. остатков | 1005 |
| Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего) | 151 |
| Правильно предсказали (true positives, TP) | 114 |
| Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP) | 37 |
| Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN) | 780 |
| Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN) | 78 |
| Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) | 0.6 |
| Специфичность (specificity) = TN / (TN+FP) | 0.95 |
| Точность (precision) = TP / (TP+FP) | 0.75 |
| Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) | 0.24 |
| Недопредсказание = FN / (TN+FN) | 0.1 |
По данным таблицы можно сделать вывод, что качество предсказания довольно хорошее, так как значение точности довольно велико, в то время как значения сверх- и недопредсказания относительно малы.
©Черниогло Елена