Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

Осуществлен поиск заданного описания локализации белка - клеточные соединения.На сайте GO был осуществлен поиск наиболее подходящего термина GO.  
В результате был выбран термин GO cell junction с идентификатором GO:0030054.
Название онтологии GO - cellular component, т. е. клеточный компонент.
GO было предложено следующее определение термина cellular component:
Часть плазматической мембраны, которая формирует специализированный участок контакта между двумя клетками, или между 
клеткой и внеклеточным матриксом. В клеточном соединении якорные белки тянутся через плазматическую мембрану, чтобы
соединить белки цитоскелета одной клетки с таковыми из соседних клеток, или с белками внеклеточного матрикса.

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Была получена полная запись банка Swiss-Prot, описывающая последовательность белка человека SPCS_HUMAN(AC Q9HD40). В поле DR были найдены и проанализированы строки, посвященные терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По полученным данным было составлено описание функции заданного белка, представленное ниже в таблице:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	Cellular component	2	В цитоплазме и ядре
Зачем, для чего?	Function	4	Связывание белка, селена, тРНК; селенотрансферазая активность
Молекулярный механизм?	Process	1	Объединение селена и цистеина
Специфичность?	Process	1	Происходит связывание исключительно селена и цистеина

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Протеом Bos taurus. Результаты поиска в UniProtKB/Swiss-Prot, 16.04.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	5646	Organism Name - Bos taurus (([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*])
С идентификаторами всех трех онтологий GO	2520	Organism Name - Bos taurus Links:DBxref - GO:&P:&F:&C: ((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent ))
В том числе в клеточных соединениях	51	Organism Name - Bos taurus Links:DBxref - GO:&P:&F:&C: Links:DBxref - GO:0030054 (((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0030054*] > parent ))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	52	Organism Name - Bos taurus Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:|EXP:|IDA:|TAS: Links:DBxref - GO:0030054 (((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & ((((((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) | [swissprot-DBxref:EXP:*]) | [swissprot-DBxref:IDA:*]) | [swissprot-DBxref:TAS:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0030054*] > parent ))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	79	Organism Name - Bos taurus Links:DBxref - GO:|EXP:|IDA:|TAS: Links:DBxref - GO:0030054 (((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] | [swissprot-DBxref:EXP:*]) | [swissprot-DBxref:IDA:*]) | [swissprot-DBxref:TAS:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0030054*] > parent ))


По данным вышеприведенной таблицы можно сделать вывод об очень хорошей аннотированости в UniProtKB/Swiss-Prot функций белков клеточных соединений из
Bos taurus, так как для всех 51 найденных белков в клеточных соединениях Bos taurus находятся белки только с самыми хорошими доказательствами функции (коды
только EXP, IDA или TAS).