Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~cherry1989/term4/Protocol6.html
Дата изменения: Sun May 17 19:10:24 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 13:27:43 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Осуществлен поиск заданного описания локализации белка - клеточные соединения.На сайте GO был осуществлен поиск наиболее подходящего термина GO. В результате был выбран термин GO cell junction с идентификатором GO:0030054. Название онтологии GO - cellular component, т. е. клеточный компонент. GO было предложено следующее определение термина cellular component: Часть плазматической мембраны, которая формирует специализированный участок контакта между двумя клетками, или между клеткой и внеклеточным матриксом. В клеточном соединении якорные белки тянутся через плазматическую мембрану, чтобы соединить белки цитоскелета одной клетки с таковыми из соседних клеток, или с белками внеклеточного матрикса.
Была получена полная запись банка Swiss-Prot, описывающая последовательность белка человека SPCS_HUMAN(AC Q9HD40). В поле DR были найдены и проанализированы строки, посвященные терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По полученным данным было составлено описание функции заданного белка, представленное ниже в таблице:
Онтология GO (название словаря) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | |
---|---|---|---|
Где? |
|
В цитоплазме и ядре | |
Зачем, для чего? | Связывание белка, селена, тРНК; селенотрансферазая активность | ||
Молекулярный механизм? | Объединение селена и цистеина | ||
Специфичность? | Происходит связывание исключительно селена и цистеина |
Количество записей | Запрос | |
Всего из данного организма | 5646 | Organism Name - Bos taurus
(([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) |
С идентификаторами всех трех онтологий GO | 2520 |
Organism Name - Bos taurus
Links:DBxref - GO:&P:&F:&C: ((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent )) |
В том числе в клеточных соединениях | 51 |
Organism Name - Bos taurus
Links:DBxref - GO:&P:&F:&C: Links:DBxref - GO:0030054 (((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0030054*] > parent )) |
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) | 52 |
Organism Name - Bos taurus
Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:|EXP:|IDA:|TAS: Links:DBxref - GO:0030054 (((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & ((((((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) | [swissprot-DBxref:EXP:*]) | [swissprot-DBxref:IDA:*]) | [swissprot-DBxref:TAS:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0030054*] > parent )) |
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) | 79 | Organism Name - Bos taurus
Links:DBxref - GO:|EXP:|IDA:|TAS: Links:DBxref - GO:0030054 (((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] | [swissprot-DBxref:EXP:*]) | [swissprot-DBxref:IDA:*]) | [swissprot-DBxref:TAS:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0030054*] > parent )) |