Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~blackdaffodil/term6/pr8.html
Дата изменения: Mon Apr 15 23:51:27 2013
Дата индексирования: Fri Feb 28 11:36:20 2014
Кодировка: Windows-1251
Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS

Моделирование перехода ДНК из А в В форму


На предыдущем практикуме были выполнены все шаги, описанные в задании 7:
"Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS" Результаты были скачены с суперкомпьютера.
Изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии:
начальное значение максимальной силы = Step 0 Fmax = 4.02438e+03;
конечное значение максимальной силы = Step 86 Fmax = 2.12381e+03.

Анализ

Любой анализ начинаем с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводе групп выбераем DNA.

trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
Открываем b_pbc_1.pdb в PyMol.
В ролике молекула мечется по экрану, пробуем:
trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans
Открываем dna_fit_1.pdb в PyMol.
ДНК уже не мечется по экрану, правда в какой-то момент кажется, что цепи почему-то расходятся, но если рассмотреть ДНК относительно введенной нами ячейки, то понятно, что молекула просто выходит за ее границы и появляется с другой стороны.

Мне кажется, что в состоянии 5 ДНК уже похожа на В-форму.

TITLE     Protein in water t= 800.00000
REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX
CRYST1   50.033   49.963   52.568  90.00  90.00  90.00 P 1           1
MODEL        5

Время моделирования 0,8 нс.

Определим средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе всей симуляции относительно стартовой структуры.

g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1

И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.
g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2
 -prev 400

Графики выглядят почти одинакого, но можно заметить, что к концу временной шкалы во втором случае квадратичное отклонение, действительно, становится меньше.

Определим изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.

g_sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg

В полученном файле второй и третий столбцы -- гидрофобная и гидрофильная посверхности соответственно.

ДНК находится в воде. К концу временного промежутка гидрофобная поверхность незначительно снижается, видимо, это способствует конформационному переходу.

Традиционным анализом для ДНК является расчет колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:

g_hbond  -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna


Вообще в каноническом дуплексе между цепями должно быть 14 связей, а тут мы видим значения от 12 до 15, что недалеко от 14. Правда имеются выбросы вплоть до 10 или 17, но, возможно, это связано с ошибками. Среднее значение колеблется между 13 и 14, и будем считать, что оно мало изменяется во времени.

Не менее интересно будет изучить количество вдородных связей ДНК-Вода

g_hbond  -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna_sol


Количество водородных связей варьирует от 95 до 124 и вцелом незначительно изменяется с течением времени. Видимо, небольшие изменения в количестве водородных связей не мешают ДНК перейти из одной формы в другую.