Дана оптимизированная структура этана в виде z-matrix :
$DATA eth C1 C C 1 cc H 2 ch 1 cchv H 2 ch 1 cch 3 d1 0 H 2 ch 1 cch 3 d2 0 H 1 ch 2 cch 3 d3 0 H 1 ch 2 cch 5 d3 0 H 1 chv 2 cch 4 d3 0 cc=1.52986 ch=1.08439 chv=1.08439 cch=111.200 cchv=111.200 d1=120 d2=-120 d3=180 $END
Наша цель состоит в том, что бы создать порядка 20 разных файлов для расчета
энергии в Gamess с разными значениями по длине одной из связей. Автоматизируем этот процесс
c помощью bash-скрипта.
Файл-заготовка для размножения.
Создаем текстовый файл скрипта и производим с ним все требуемые операции.
В конце переправляем выдачу скрипта make_b.bash
в файл bond.
Теперь с помощью gnuplot отображаем эти точки и пытаемся описать их распределение параболической функцией:
f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b Стартовые коэффициенты: a=-80 k=1 b=1.5 Подогнанные значения: a = -79.7652 +/- 0.0004522 (0.000567%) k = 0.563608 +/- 0.02335 (4.142%) b = 1.55432 +/- 0.002455 (0.1579%)
Как видно на рисунке функция не совсем точно совпадает с полученными точками, вероятно, потому, что реальная зависимость энергии связи от ее длины описывается более сложной функцией.
Изменение валентного угла HCH
Аналогично предыдущему заданию создаем скрипт, выдачу переправляем в файл и строим зависимость:
f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b Стартовые коэффициенты: a=-80 k=1 b=1.5 Подогнанные значения: a = -79.7647 +/- 1.21e-08 (1.517e-08%) k = 3.56076e-05 +/- 6.229e-09 (0.01749%) b = 111.38 +/- 9.954e-05 (8.937e-05%)
В данном случае апроксимация лучше, все точки лежат на параболе.
Изменение торсионного угла d3
Теперь то же самое делаем для для торсионного угла d3, его значения должны изменяться от -180 до 180 с шагом 12. создаем скрипт, выдачу переправляем в файл и строим зависимость:
Количество минимумов 3, так как значения угла d3 180 и -180 - это одна и та же точка.