Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~borisevich/term7/Pr3/Borisevich_03.doc Дата изменения: Tue Dec 25 13:42:24 2012 Дата индексирования: Sun Feb 3 05:09:30 2013 Кодировка: koi8-r

a. В чем состоит главный биологический результат статьи

Получена структура тиамин-фосфат синтазы, связанной с субстратом,
продуктом, и, что самое ценное для изучения реакции, - с
интермедиатом.

b. Какое разрешение структуры

В ходе работы было получено несколько разных структур, с
разрешением от 1.4 А до 2.5 А.

Разрешение структуры 1G6C (S130A-intermed 2) - 1.40 ангстрем.


c. Каким методом решена фазовая проблема

молекулярное замещение на основе структуры 1G4E

d. Сколько структурных факторов измерено и сколько (число, процент)
имеют силу сигнала более 3.0

77591
из них больше 3.0 - 77150 (99,43%)

e. Чему равны R-фактор и R-free фактор

По статье:
R-factor = 21.2

R-free = 23.1

По PDB:
|R-Value: |0.215 |
| |(obs.) |
|R-Free: |0.237 |

f. Источники: статья, PDB файл, EDS

На страничке задания

g. Постройте выравнивание полной последовательности белка (из
Uniprot) и белка, представленного в PDB файле. Удобно это
сделать с помощью JalView (см.инструкции на сайте
http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main)

Прокомментируйте несоответствия, если они есть.

Помимо отличий в хвостах (которые непонятно откуда взялись, но и
неинтересны, пожалуй) имеется одна замена S130A, которая
соответствует замене, проведенной в статье авторами для получения
структур.