Занятие 7

Содержание

Вся работа была автоматизирована скриптом, вводились только цифры в интерактивном режиме (выбор группы для trjconv и выбор энергий для g_energy).

Результаты

Метод Андерсена для контроля температуры

PDB-файл
В полученном PDB файле видны очень слабые "дрожания" молекулы + она медленно поворачивается вокруг C-C связи целиком.

Метод Берендсена для контроля температуры

PDB-файл
В полученном PDB файле молекула быстро вращается вокруг C-C связи, медленно вокруг других осей.

Метод Нуза-Хувера для контроля температуры

PDB-файл
В полученном PDB файле молекула быстро вращается, но строго вокруг оси C-C, положение которой зафиксировано в пространстве, в отличие от результата метода Берендсена.

Метод стохастической молекулярной динамики

PDB-файл
Я был неправ. В методе Берендсена молекула вела себя относительно спокойно, по сравнению с этим! Молекула интенсивно вращается хаотически вокруг всех осей и передвигается в пространстве.

Метод "Velocity rescale" для контроля температуры

PDB-файл
В полученном PDB файле молекула ведет себя похоже на метод Берендсена, только вокруг прочих осей вращение чуть более интенсивное.

Выводы:

Метод Андерсена держит молекулу почти в покое и с близкой к нулю потенциальной энергией.
Метод Берендсена сначала релаксирует избыточную потенциальную энергию, но после выхода на плато - обеспечивает постоянную энергию молекуле. Распределение длины связи - отличное.
Метод Нуза-Хувера характеризуется огромными выбросами по кинетической энергии (местами) и, по-видимому, не в состоянии обеспечить имитацию постоянного уровня температуры.
Метод стохастической МД дает меньший выброс, чем Нуза-Хувера, но зато очень большой разброс; еще хуже, как я понимаю.
Velocity rescale - аналогично СМД.

Как я понимаю, метод Андерсена справился лучше всего, Берендсена - на втором месте; остальное - плохо.