Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~borisevich/term6/Pr11/index.html
Дата изменения: Sun May 27 18:28:06 2012 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:21:11 2012 Кодировка: Windows-1251 |
mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -6.1 0.000 0.000 2 -5.4 2.860 4.373 3 -5.2 6.191 7.892Все 3 полученных состояния связываются в соответствующем кармане; состояние номер 1 - похоже, правильно отображает связывание мономера.
mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -5.6 0.000 0.000 2 -5.6 2.051 2.885 3 -5.5 2.032 4.551Удивительно, но докинг с подвижными остатками проработал дольше (перебирая варианты расположения подвижных остатков), но результат дал хуже, чем обычный докинг. Видимо, с увеличением числа состояний системы, vina не смогла найти подходящий минимум энергии за установленное время.
mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -5.0 0.000 0.000 2 -5.0 1.821 2.957 3 -5.0 1.982 4.452
mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -5.5 0.000 0.000 2 -5.4 2.332 4.737 3 -5.4 2.281 3.971
mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -5.5 0.000 0.000 2 -5.5 3.972 6.391 3 -5.4 2.608 4.271
mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -7.1 0.000 0.000 2 -7.1 1.688 1.993 3 -6.7 1.706 3.313
mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -5.7 0.000 0.000 2 -5.4 1.451 4.116 3 -5.4 1.920 3.963
mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -6.0 0.000 0.000 2 -5.8 5.468 7.542 3 -5.7 1.510 3.797
mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- 1 -7.4 0.000 0.000 2 -7.1 2.734 5.725 3 -7.0 1.952 2.503