Главная
Новости
Полезные ссылки
Контакты
Обо мне
Мои работы
|
Занятие 7. Классификация функций. Коды ферментов
Обязательные задания
- Объяснение заданного кода фермента
Заданный мне код фермента - EC 2.3.1.61.
Расшифровка каждого пункта кода:
- EC 2: трансферазы (transferases)
- EC 2.3: ацилтрансферазы (acyltransferases)
- EC 2.3.1: перенос любых групп, кроме аминоацильных (transferring groups other than amino-acyl groups)
- EC 2.3.1.61: дигидролипоиллизиновая сукцинилтрансфераза (dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase)
- Сравнение последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов
Для поиска в базе UniProt с помощью SRS фермента EC 2.3.1.61 в организмах бактерии Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека я применил следующий запрос:
((([uniprot-AllText:EC*] & [uniprot-AllText:2.3.1.61*]) | [uniprot-AllText:EC 2.3.1.61*]) & (([uniprot-ID:*_ECOLI*] | [uniprot-ID:*_HUMAN*]) | [uniprot-ID:*_METJA*]))
Однако у Methanococcus jannaschii фермента с таким кодом не оказалось, более того, я не нашел его во всем царстве Археев. Тогда я взял царство Грибы, а из него вид Saccharomyces cerevisiae. В нем нужный фермент нашелся.
В каждом из трех организмов был найдет один указанный фермент.
Сравнение доменной структуры найденных белков:
| |
|
Фермент 1 (Escherichia coli (strain K12), P0AFG6) |
Фермент 2 (Saccharomyces cerevisiae, P19262) |
Фермент 3 (Homo sapiens, P36957) |
| |
Идентификатор, название домена Pfam |
Положение в последовательности |
Положение в последовательности |
Положение в последовательности |
| Домен 1 |
PF00198, 2-oxoacid_dh |
173-403 |
232-462 |
219-451 |
| Домен 2 |
PF00364, Biotin_lipoyl |
4-77 |
74-147 |
71-143 |
Для выяснения родственных связей между последовательностями я решил сделать девять парных выравниваний: для каждой из трех возможных пар ферментов сделано выравнивание двух доменов и последовательности в целом. Парные выравнивания проводились с помощью программы needle. Результаты представлены в таблице:
| |
ODO2_ECOLI & ODO2_YEAST |
ODO2_ECOLI & ODO2_HUMAN |
ODO2_YEAST & ODO2_HUMAN |
| Последовательность белка в целом |
Length: 496
Identity: 175/496 (35.3%)
Similarity: 250/496 (50.4%)
Gaps: 124/496 (25.0%)
|
Length: 486
Identity: 188/486 (38.7%)
Similarity: 251/486 (51.6%)
Gaps: 114/486 (23.5%)
|
Length: 494
Identity: 209/494 (42.3%)
Similarity: 276/494 (55.9%)
Gaps: 72/494 (14.6%)
|
| Домен PF00198 |
Length: 231
Identity: 133/231 (57.6%)
Similarity: 179/231 (77.5%)
Gaps: 0/231 ( 0.0%)
|
Length: 233
Identity: 139/233 (59.7%)
Similarity: 178/233 (76.4%)
Gaps: 2/233 ( 0.9%)
|
Length: 233
Identity: 142/233 (60.9%)
Similarity: 177/233 (76.0%)
Gaps: 2/233 ( 0.9%)
|
| Домен PF00364 |
Length: 74
Identity: 23/74 (31.1%)
Similarity: 39/74 (52.7%)
Gaps: 0/74 ( 0.0%)
|
Length: 74
Identity: 30/74 (40.5%)
Similarity: 42/74 (56.8%)
Gaps: 1/74 ( 1.4%)
|
Length: 74
Identity: 27/74 (36.5%)
Similarity: 42/74 (56.8%)
Gaps: 1/74 ( 1.4%)
|
Как видно из таблицы, все найденные нами последовательности и домены достаточно близки друг други, и следовательно, гомологичны как белки трех организмов в целом, так и тройки доменов по отдельности.
|