Занятие 5. Работа в командной строке Linux. Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS

Обязательные задания

1. Смена активной директории и просмотр содержимого директорий.
   • Выполнил команду "ls". В окне отобразились расположенные в строку папки и файлы, содержащиеся в моей домашней директории на kodomo.
   • Выполнил команду "ls ..". В окне отобразилось содержимое надкаталога, то есть список домашних директорий учащихся первого курса. Скорее всего, эта папка активной не стала - просто мне показали содержимое надкаталога активной папки.
   • Выполнил команду "cd ..", в окне высветился адрес папки со списком студенческих директорий - /home/students/y07. Теперь она стала активной (текущей). После команды "ls" мне снова отобразился этот список, то есть я посмотрел содержимое текущей папки, как в первом пункте.
   • Повторял пару команд предыдущего пункта, пока картина не перестала меняться. То есть я постоянно переходил в наддиректорию (делал ее активной), а далее смотрел ее содержимое (удостоверялся в ее активности). Картина перестала меняться, когда я дошел до корневого каталога, у которого уже нет наддиректории.
   • Выполнил "cd" и вернулся в домашнюю директорию. Проверил факт возвращения командой "ls". Тут же понял, что активная директория отображается в командной строке полным адресом, а если активна домашняя директория, то значком "~". Выполнил "pwd", мне показали полный адрес моей домашней директории: "/home/students/y07/bennigsen". При копировании заметил, что обычное Ctrl+C не действует, зато действует Ctrl+Insert. Видимо, это особенность системы Linux.
   • Сделал активной директорию Practice5 и просмотрел содержимое командой "ls". Проблем не возникло.
   
   
2. Создание и просмотр файлов.
   • Выполнил команду

      seqret sw:p0a7d4 -auto
     

     и команду "ls" - файл появился. Выполнил команду "more pura_ecoli.fasta" и увидел содержимое файла, то есть последовательность моего белка в формате fasta.
   • Выполнил команду

      entret sw:p0a7d4 -auto
     

     Файл появился. При просмотре содержимого обнаружил, что в нем содержится полная запись банка Swiss-Prot о моем белке (а не только последовательность). Вначале в окошке появилось только 8 % записи, при нажатии Enter появлялась одна новая строка, а нажатие "пробела" увеличивало видимую часть файла в более существенным размере (в данном случае на 10 %). Попутно я также обнаружил, что выйти из этого режима просмотра можно клавишей "Q".
   
   
3. Некоторые способы облегчения работы в командной строке.
   • Стрелки "вверх" и "вниз" выводят в командную строку содержимое условного списка команд, которые я набирал ранее. "Вверх" показывает более раннюю команду, "вниз" - более позднюю. У списка есть начало (первая набранная команда) и конец (последняя набранная, в моем случае - пустая строка).
   • Выполнил команду "history". Она выдала мне давешний пронумерованных список, который, оказывается, совсем не условный, а совершенно реальный. Последняя команда - "history" - имела номер 51, а первая - номер 1 (хотя я был уверен, что 0. Вот так влияют на неокрепший детский ум языки программирования).
   • Созда файл aa.txt, набрал more a, нажал Tab, и мне сразу выскочило название aa.txt. После нескольких опытов стал ясен общий принцип: если набранное начало файла (не обязательно первая буква) уникально, то Tab сразу пишет его полное название. Если нет, то выводит список файлов, имеющих это начало. Далее можно дописать еще одну или несколько букв, которые еще более сократят выбор, и снова нажать Tab. Вы увидите либо дописаннанное до места совпадений с другими файлами название, либо новый, урезанный список, либо полное название искомого файла в командной строке.
   
   
4. Программа полного парного выравнивания needle.
   • Выполнил команду:

     needle pura_ecoli.fasta pura_pseae.fasta work.needle -auto
     

     Получившийся файл содержит название белков, штрафы за гэпы и за число гэпов, идущих подряд, параметры выравнивания, количество набранных за выравнивание очков (score) и само выравниваение.
   • После удвоения параметров (файл work2.neddle) не изменилось ни само выравнивание, ни основные параметры. Изменилось лишь общее число баллов - уменьшилось на 10. Это связано с нем, что в выравнивание есть только один гэп, а штраф за него мы увеличили как раз на 10 (с 10 до 20).
   • После выполнения команды

     needle pura_ecoli.fasta pura_pseae.fasta work3.msf -auto -aformat msf
     

     я открыл файл work3.msf с помощью программы GeneDoc.
5. Файлы:
   pura_ecoli.fasta
   
   pura_ecoli.entret
   
   pura_pseae.fasta
   
   work.needle
   
   work2.needle
   
   work3.msf