Занятие 2. Поисковые системы

Обязательные задания

1. Найденные ссылки:
   • С помощью системы MRS
   • C помощью системы SRS
   • С помощью поисковой машины Expasy
   
   
   Все три вида достаточно приятны для глаза. До описания поля FT отличий немного, следует упомянуть разве что отсутствие ссылок на таксоны в системе SRS, но зато там же статьи о белке представлены сразу в нескольких форматах.
   
   Теперь об "особенностях" последовательности. Они (мутагенные участки, лиганды, элементы вторичной структуры) расписаны во всех трех системах примерно одинакого. Лучше всего выглядит SRS: там подробно расписана вторичная структура и особенности и даже дана карта расположения всех особенностей относительно линейной последовательности. Кроме того, в SRS можно выбрать любой из 5 форматов записи последовательности.
   Система MRS немного проигрывает, так как представляет последовательность только в одном формате. В ней нет карты с расположением элементов вторичной структуры, но зато при наведения на один из них входящие в него аминокислоты высвечиваются.
   В Expasy существует только два формата записи, а картой я либо не научился пользоваться, либо она совершенно не отображает спирали и тяжи.
    
2. Ответы на вопросы.
   
   
   • Названия таксонов, начинающихся на "gam": gambusia, gammaherpesvirinae, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea.
   • Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии": gammaproteobacteria
   • Количество записей в банке SwissProt, описывающих белки из гамма-протеобактерий: 69659
   
   
   
3. Запросы к банку SwissProt, призванные найти белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией моего белка.
   
   

   Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
   Adenylosuccinate synthetase	(([swissprot-Description:Adenylosuccinate*] & [swissprot-Description:synthetase*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	118
   Adenylosuccinate	([swissprot-Description:Adenylosuccinate*] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	125
   synthetase	([swissprot-Description:synthetase*] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	4222
   IMP--aspartate ligase	((([swissprot-Description:IMP--aspartate] & [swissprot-Description:ligase]) | [swissprot-Description:IMP--aspartate ligase]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria])	118
   AdSS	([swissprot-Description:AdSS] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria])	118
   AMPSase	([swissprot-Description:AMPSase] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria])	118

   
    
4. Для сохранения в формате fasta я выбрал белки из первого запроса. Скачать файл можно как в текстовом формате, так в формате fasta.