Для определения того, какие из углов являются более консервативными, были вычислены стандартные отклонения углов для ДНК из файла dna40.pdb и постоена диаграмма значений углов:
Страндартные отклонения также неправильно считать с помощью встроенной функции. Были найдены квадраты отклонения углов от вычисленных ранее средних и взят квадратный корень от среднего по этим квадратам.
α β γ δ ε ζ χ
6.22 15.48 4.88 18.52 73.01 89.88 17.51
Прежде всего, из диаграммы видно, что для комплементарных нуклеотидов углы совпадают. Это неудивительно, так как водородные взаимодействия пар фиксируют жестко четверку нуклеотидов (по 2 на каждую цепь).
Все углы, кроме ε и ζ показывают достаточно малый разброс, поэтому потенциально могут быть использованы для определения формы (если есть существенное различие между формами по некоторому углу). Наиболее консервативны α и γ.
Тип спирали проще всего отличить по углу δ - он определяет отличие конформации C2'-endo и C3'-endo рибозы. По этому параметру ДНК из файла достаточно однозначно можно отнести к B-форме
Дополнительная информация от analyze
В выдаче есть таблица, где программа предполагает, к какой форме относится ДНК
В другой таблице для каждой пары можно определить сдвиг вдоль оси и поворот (twist). По этим данным легко определить число оснований на виток (360/средний_twist) и шаг спирали (средний_сдвиг*[360/средний_twist])
Также есть таблица, содержащая размеры большой и малой бороздки
Стопочные диаграммы ДНК
| A-форма | B-форма | dna40.pdb |
 |
 |
 |
 |
 |
 |