|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~artemov/term3/sem3prac4.html
Дата изменения: Tue Dec 18 19:14:34 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 11:46:21 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Из банка данных UniProt была получена аминокислотная последовательность. В ней был найден четвертый аминокислотный остаток.
| Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка MURG_ECOLI | Q | |
| Соответствующий кодон в гене murG | 5'-CAA-3' | |
| Идеальный антикодон | 5'-UUG-3' | |
| Сколько можно было бы
ожидать разных тРНК для остатка Q (если опираться на генетический код)? |
2 | |
| Сколько тРНК для остатка Q аннотировано в геноме кишечной палочки? | 4 | |
| Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК: | ||
| название гена | glnW | |
| координаты гена в записи EMBL | complement(695979..696053) | |
| антикодон | UUG | |
| (*) Распознаваемый кодон | CAR | |
| команда: |
| grep -n "anticodon.*glutamine" ecoli.embl |
| результат: |
| 15971:FT
/note="codon recognized: CAG; anticodon: CUG glutamine 15983:FT /note="codon recognized: CAG; anticodon: CUG glutamine 16008:FT /note="codons recognized: CAR; anticodon: UUG glutamine 16021:FT /note="codons recognized: CAR; anticodon: UUG glutamine |
Таким образом, получаем что, вопреки предположению, в геноме кишечной палочки существует 4 разных гена, кодирующих глутаминовые тРНК.
Существуют 2 различных распознаваемых кодона, причем это не CAA и CAG, как можно было предположить, а CAA и CAR, который соответствует обоим возможным кодонам CAA и CAG
| Программа | FastA | BLASTN | MegaBLAST | Discontigous MegaBLAST |
|
| Число находок с Е-value < 0,001 | 1 |
0 | 0 | 0 | |
| Характеристика лучшей находки: | |||||
| E-value находки | 0.00051 |
5.8 | 5.8 | - | |
| Номер сектора генома | 23 | 116 | 116 | ||
| AC соответствующей записи EMBL | AE010148 | AE010241 | AE010241 | ||
| координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL | 5861..5930 прямая |
2304..2289 обратная |
2304..2289 обратная |
||
| Аннотация лучшей находки по EMBL (не аннотирована, аннотирована как тоже глутаминовая тРНК, как другая тРНК etc.) |
tRNA Arg anticodon TCT (другой кодон!) |
tRNA-Asn (так же) |
tRNA-Asn (так же) |
||
| Примечания | если W=9 или 11 |
Дла W=11 t=16 не находит |
|||
Выводы. BLAST находит сходные последовательности с недостаточной достоверностью (большое e-value), но, тем не менее, находится tRNA-Asn, которая также и гдутаминовая. FastA, напротив, дает выравнивание с достаточно хорошим e-value, однако последовательность не является (по крайней мере так не аннотирована) глутаминовой тРНК.
Возможно, поиск гомологов последовательности тРНК затруднен тем, что в ней достаточно много участков, которые не являются специфически соответствующими аминокислоте.