Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~anzhela/term3/files/3.txt Дата изменения: Sun Dec 26 01:25:39 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 16:14:16 2012 Кодировка:

Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive
bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step.

Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those
outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and
inter-strand overlap is designated according to the following diagram:

i2 3' 5' j2
/|\ |
| |
Strand I | | II
| |
| |
| \|/
i1 5' 3' j1

step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum
1 PU/AA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.74( 2.50) 2.74( 2.50)
2 UC/GA 0.12( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.08( 2.87) 4.20( 2.87)
3 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.51( 0.00) 3.94( 2.54) 4.44( 2.54)
4 CU/GG 2.28( 0.61) 0.00( 0.00) 0.05( 0.00) 4.64( 3.14) 6.97( 3.76)
5 UC/GG 0.38( 0.00) 0.00( 0.00) 0.23( 0.00) 1.84( 0.57) 2.46( 0.57)
6 CG/CG 0.20( 0.00) 0.00( 0.00) 4.02( 1.35) 0.26( 0.00) 4.48( 1.35)
7 Gc/GC 5.97( 1.41) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 7.08( 4.30) 13.05( 5.71)
8 cC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.97( 0.00) 2.98( 1.45) 3.95( 1.45)
9 CA/UG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.10( 1.07) 0.49( 0.06) 3.58( 1.13)
10 AG/CU 5.03( 2.85) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 0.08( 0.00) 5.13( 2.85)
11 GG/CC 3.98( 2.42) 0.00( 0.00) 0.81( 0.00) 0.00( 0.00) 4.79( 2.42)
12 Gu/aC 7.08( 1.99) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.95( 1.78) 12.03( 3.77)
13 uP/Ga 5.41( 1.91) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 7.84( 2.58) 13.25( 4.49)
14 PC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00)
15 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.99( 0.00) 3.13( 1.59) 4.13( 1.59)
16 CA/UG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.98( 1.80) 0.05( 0.00) 4.03( 1.80)
17 AG/CU 1.98( 1.88) 0.00( 0.00) 0.83( 0.00) 0.00( 0.00) 2.81( 1.88)
18 GA/PC 3.12( 1.62) 0.00( 0.00) 0.08( 0.01) 0.00( 0.00) 3.20( 1.63)
19 AA/gP 3.79( 2.38) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.93( 1.35) 7.72( 3.74)
20 Ag/Cg 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.23( 0.05) 0.28( 0.08) 1.52( 0.13)
21 gC/GC 3.31( 1.06) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.48( 2.49) 8.79( 3.55)
22 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.92( 0.00) 3.51( 1.97) 4.42( 1.97)
23 CC/CG 2.84( 1.12) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.73( 0.88) 4.58( 2.00)
24 CA/UC 0.00( 0.00) 2.49( 0.10) 4.49( 3.16) 0.00( 0.00) 6.98( 3.26)
25 AA/UU 6.31( 4.27) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.31( 4.27)
26 AG/CU 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00)