Программа MEME

1. В наборе гомологов белка HEMH_BACSU найдены мотивы программой MEME
   • Найдено 3 мотива
   • Выдача программы:
     • 1 мотив найден для 9 из 10 последовательностей. Для последовательности HEMH_BACSU: P-value - 4.70e-22, координаты 176-203; длина - 28, энтропия - 78.4 bits.
     • 2 мотив найден для 8 из 10 последовательностьей. Для последовательности HEMH_BACSU второй мотив не найден. Длина - 20,энтропия - 63.4 bits.
     • 3 мотив найден для 9 из 10 последовательностей. Для последовательности HEMH_BACSU: P-value - 6.19e-23, координаты 254-282; длина - 29, энтропия - 77.8 bits.

2. В GeneDoc 1 мотив обозначен бирюзовым цветом, 2 мотив - синим, 3 - фиолетовым. Файл с выравниванием myproteins.msf. Причем muscle не выровнял 1 мотив.
3. Поиск мотивов с помощью MAST, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed). Результат
   • Нашлось 3 мотива. Всего было 48 последовательностей, выбраны из них 9 последовательностей, так как их E-value меньше 10. У пяти из девяти нашлись мотивы.
   • Ни в одном из девяти не были найдены все мотивы
   • Слишком мало а.о. последовательности принадлежат мотивам.