1. Паттерн белка RS12_BACSU (PS00055) в банке Prosite

   [RK]-x-P-N-S-[AR]-x-R

   Описание:

   Рибосомальный белок S12 - один из юелков малой субъединицы рибосомы. В Escherichia coli S12 вовлечена в инициацию трансляции. Этот белок состоит из 120-150 амино-кислотных остатков. S12 принадлежит семейству рибосомальных белков в группах:

   • Бактериальный S12
   • Архейный S12
   • Белок хлоропластов водорослей и высших растений S12
   • Белок цианобактерий S12
   • Митохондриальный S12 прокариот и растений
   • Дрожжевой S28
   • Митохондриальный белок дрозофиллы tko (Technical KnockOut)
   • Белок млекопитающих S23

   15 последовательностей семейства не находятся и 5 лишних последовательностей находятся паттерном в банке Swiss-Prot, значения величин "Precision" (точность) - 99,51% и "Recall" (чувствительность) - 98,53%.

2. Паттерн для поиска белков подсемейства

   Был выбран отдел Firmicutes и белки:
   RS12_BACSU
   RS12_CLOTE
   RS12_LACDA
   RS12_LISMO
   RS12_PEDPA
   RS12_STRPN

   Белки из других таксонов
   RS12_CHLAB
   RS12_CHLPN
   RS12_PARUW
   RS12_ARTAT
   RS12_BIFLO
   RS12_COREF

   Паттерном PS00055 в Firmicutes находятся 154 белка

   Паттерном K-x-R-{A}-[TS]-[VKQ]-{AL}-{R}-[QNK]-S-[DKT]-[SA]-P-A-L-[KN]-[NVKY]-[CGS] было найдено 53 последовательности, все они из Firmicutes.
   Жирным шрифтом отмечены консервативные остатки выбранной группы, которые не являются консервативными в контрольной
   Следовательно нужно смягчит паттерн. В белке RS12_ALKMQ, который не нашелся эти паттерном этот участок: стоит в 5 позиции A, Q в 16. Паттерн перепишем
   K-x-R-{A}-[ATS]-[VKQ]-{AL}-{R}-[QNK]-S-[DKT]-[SA]-P-A-L-[KNQ]-[NVKY]-[CGS]
   Этим паттерном найдены 55 последовательностей, решено смягчить его еще больше:
   K-x-R-{A}-[ATS]-[VKQ]-{AL}-{R}-[QNK]-S-[DKT]-[SA]-P-A-L-[KNQ]-x-[CGS] - найдено 75, все из данного таксона.
   K-x-R-x(2)-[VKQ]-{AL}-{R}-[QNK]-S-[DKT]-[SA]-P-A-L-[KNQ]-x-[CGS] - найдено 86, из них 3 из других таксонов.
   Смягчаем K-x-R-x-{K}-{S}-{AL}-{R}-{R}-S-[DKT]-[SA]-P-A-L-[KNQ] - найдено 111, из них 90 только из нужного таксона

   Было принято решение усилить паттерн
   Здесь лучшие результаты:
   [FKNRQ]-[ASPG]-R-x-[KRDATSV]-[AHITVKQL]-x(3)-S-x-[SA]-P-A-L 161, 135
   [FKNRQ]-[ASPG]-R-x-[KRDATSV]-[AHITVKQL]-x(3)-S-[DKT]-[SA]-P-A-L 141, 127
   И паттерн, сделанный по полному выравниванию:
   [FKNRQ]-[ASPGK]-R-[EKYSQHRVT]-[STDAPKVQE]-[EAHITVKQL]-x-[AEKTSQYVWFG]-[AQNK]-S-[ADKTN]-[SA]-P-A-L - 173, 136 оказался ничуть не лучше предыдущих

   Паттерн [FKNRQ]-[ASPG]-R-x-[KRDATSV]-[AHITVKQL]-x(3)-S-x-[SA]-P-A-L
   Им находятся всего - 161 белок, белки данного таксона - 135
   TP=135, FP=26, FN=19, чувствительность - 0,88, селективность - 0,84

   Выравнивание
   Голубым отмечен участок, по которому строился паттерн
   Синим отмечен исходный паттерн

Четвертый семестр