Правильное дерево

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Дерево построено при помощи программы fdnapars. Подробно в файле и выравнивание.

      +-BACSU     
      |  
  +---4     +---PEDPA     
  |   |  +--3  
  |   |  |  +----LACDA     
  |   +--2  
  |      |  +-LISMO     
  |      +--5  
  |         +-----STRPN     
  |  
  1-----CLOTE     
  |  
  +------THETN

Правильно построены ветви:
(CLOTE,THETN), (PEDPA,LACDA)

Дерево, построенное программой fprotpars

                 +--THETN     
           +-----6  
           !     +--CLOTE     
        +--5  
        !  !     +--LISMO     
     +--3  +-----4  
     !  !        +--BACSU     
  +--2  !  
  !  !  +-----------PEDPA     
  1  !  
  !  +--------------STRPN     
  !  
  +-----------------LACDA  

Эти два дерева очень отличаются, они имеют только одну одинаковую тривиальную ветвь (CLOTE,THETN). Дерево, построенное программой fprotpars имеет 3 правильные ветви. Поэтому, возможно, построение деревьев по белкам точнее, чем по нуклеотидным последовательностям.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Дерево построено программой fprotpars

                                +-----HSLU_LISMO
                             +-11  
                             !  !  +--CLPY_BACSU
           +----------------10  +-12  
           !                 !     +--HSLU_THETN
           !                 !  
           !                 +--------HSLU_LACDA
           !  
     +-----9                       +--CLPX_CLOTE
     !     !                 +-----8  
     !     !                 !     +--CLPX_THETN
     !     !           +-----7  
     !     !           !     !     +--CLPX_LISMO
     !     !           !     +-----6  
  +--3     +-----------5           +--CLPX_BACSU
  !  !                 !  
  !  !                 !           +--CLPX_PEDPA
  !  !                 +-----------4  
  !  !                             +--CLPX_STRPN
  1  !  
  !  !                             +--CLPE_BACSU
  !  +-----------------------------2  
  !                                +--CLPC_BACSU
  !  
  +-----------------------------------FTSH_STRPN

Паралоги
• CLPE_BACSU и CLPC_BACSU
• CLPY_BACSU и CLPX_BACSU
• HSLU_THETN и CLPX_THETN
Ортологи
• CLPX_CLOTE и CLPX_THETN
• CLPX_LISMO и CLPX_BACSU
• CLPX_PEDPA и CLPX_STRPN

Программа почти все белки с одинаковой функцией расположила на отдельные ветви

Четвертый семестр