Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~anuta_al/projects/Vyr.doc Дата изменения: Sun Mar 29 20:22:26 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 09:03:58 2012 Кодировка: koi8-r

Сравнение полученных выравниваний:

Итак, я сравниваю выравнивание для белка RECQ_ECOLI с выравниванием
для родственного ему белка RECQ_BACSU, два разных глобальных выравнивания:
opt.needle и op. needle
1) Замечаю, что есть пример того, что одной и той же позиции первой
последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены
разные позиции второй последовательности:

В opt.needle (Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):


RECQ_ECOLI 364 --------------------------ERHKLNAMGAFAEAQTCRRLVLLN
387

RECQ_BACSU 389MMIHLFMQGKTSVELMKKEISYRMELKLEKMHRVSFLLQRDGCLRQALLT
438



В op.needle (Gap_penalty: 20.0 Extend_penalty: 1.0):

RECQ_ECOLI 364 -------------------------ERHKLNAMGAFAEAQTCRRLVLLNY
388

RECQ_BACSU 390 MIHLFMQGKTSVELMKKEISYRMELKLEKMHRVSFLLQRDGCLRQALLTY
439

2) Затем вижу, что одной и той же позиции первой последовательности в
разных локальных выравниваниях не сопоставлены разные позиции второй
последовательности.



3) Замечаю, что есть пример того, что в одном глобальном выравнивании
какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая
позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался
пропуск:

В opt.needle (Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):

RECQ_ECOLI 200 DPLIQISSFDRPNIRYML---
MEKFKPLDQLMRYVQEQRGKSGIIYCNSR 246

RECQ_BACSU 190 HAVRHLNSVNRPNIALRVENAADTAEKIDRVIQLVENLQG-PGIVYCPTR
238

В op.needle (Gap_penalty: 20.0 Extend_penalty: 1.0):

RECQ_ECOLI 200 DPLIQISSFDRPNIRYMLMEKFKPLDQLMRYVQ--
EQRGKSGIIYCNSRA 247

RECQ_BACSU 190 HAVRHLNSVNRPNIALRVENAADTAEKIDRVIQLVENLQGPGIVYCPTRK
239

4) Вижу, что есть пример того, что в одном локальном выравнивании какой-
либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция
второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался
пропуск:

В opt.water Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):

RECQ_ECOLI 213 IRYML---MEKFKPLDQLMRYVQEQRGKSGIIYCNSRAKVEDTAARLQSK
259

RECQ_BACSU 203 IALRVENAADTAEKIDRVIQLVENLQG-PGIVYCPTRKWAKELAGEIKSK
251

В op.water (Gap_penalty: 20.0 Extend_penalty: 1.0):

RECQ_ECOLI 213 IRYMLMEKFKPLDQLMRYVQ--EQRGKSGIIYCNSRAKVEDTAARLQSKG
260

RECQ_BACSU 203 IALRVENAADTAEKIDRVIQLVENLQGPGIVYCPTRKWAKELAGEIKSKT



5) Далее замечаю, что оптимальные локальные выравнивания соответствуют,
построенным с использованием разных параметров, одним и тем же
фрагментам последовательностей:

Из opt.water (Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):

RECQ_ECOLI 309 VHFDIPRNIESYYQETGRAGRDGLPAEAMLFYDPAD--------------
344

RECQ_BACSU 302 IHFHLPQTAEAFMQEIGRAGRDGKPSVSILLRAPGDFELQEQIIQMESVT
351



В op.water (Gap_penalty: 20.0 Extend_penalty: 1.0):

RECQ_ECOLI 310 HFDIPRNIESYYQETGRAGRDGLPAEAMLFYDPAD 344

RECQ_BACSU 303 HFHLPQTAEAFMQEIGRAGRDGKPSVSILLRAPGD 337



В op.water (Gap_penalty: 20.0 Extend_penalty: 1.0):

RECQ_ECOLI 14 KQVLQETFGYQQFRPGQEEIIDTVLSGRDCLVVMPTGGGKSLCYQIPALL
63

RECQ_BACSU 5 QQTLYQFFGFTSFKKGQQDIIESILSGKDTIAMLPTGGGKSLCYQLPGYM
54





В o.water (Gap_penalty: 5.0 Extend_penalty: 0.25):

RECQ_ECOLI 17 LQET----FGYQQFRPGQEEIIDTVLSGRDCLVVMPTGGGKSLCYQIPAL
62

RECQ_BACSU 4 LQQTLYQFFGFTSFKKGQQDIIESILSGKDTIAMLPTGGGKSLCYQLPGY
53



В opt.water (Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):

RECQ_ECOLI 345 ---MAWLRRCL---EEKPQGQLQDI-------------------------
363

RECQ_BACSU 352 AEEIADVIRVLEKTEERDERRLRDVLLQYGVGETQARMMIHLFMQGKTSV
401



В o.water (Gap_penalty: 5.0 Extend_penalty: 0.25):

RECQ_ECOLI 343 ADMAWLRRCLEEKPQGQLQDIERHKLNAMGAFAEAQTCRRLVLLNYFGEG
392

RECQ_BACSU 336 GDF-------------ELQE-------------------QII--------
345



6) Рассмотрим совпадения локальных выравниваний с соответствующими
частями глобальных выравниваний:



В opt.needle (Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):

RECQ_ECOLI 200 DPLIQISSFDRPNIRYML---MEKFKPLDQLMRYVQEQRGKSGIIYCNSR
246

RECQ_BACSU 190 HAVRHLNSVNRPNIALRVENAADTAEKIDRVIQLVENLQG-PGIVYCPTR
238



В opt.water (Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):

RECQ_ECOLI 213 IRYML---MEKFKPLDQLMRYVQEQRGKSGIIYCNSRAKVEDTAARLQSK
259

RECQ_BACSU 203 IALRVENAADTAEKIDRVIQLVENLQG-PGIVYCPTRKWAKELAGEIKSK
251









В opt.needle (Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):

RECQ_ECOLI 345 ----------------MAWLRRCL---EEKPQGQLQDI------------
363

RECQ_BACSU 339 ELQEQIIQMESVTAEEIADVIRVLEKTEERDERRLRDVLLQYGVGETQAR
388



В opt.needle (Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):

RECQ_ECOLI 345 ---MAWLRRCL---EEKPQGQLQDI-------------------------
363

RECQ_BACSU 352 AEEIADVIRVLEKTEERDERRLRDVLLQYGVGETQARMMIHLFMQGKTSV
401

RECQ_ECOLI 364 --------------------------ERHKLNAMGAFAEAQTCRRLVLLN
387

RECQ_BACSU 389 MMIHLFMQGKTSVELMKKEISYRMELKLEKMHRVSFLLQRDGCLRQALLT
438



RECQ_ECOLI 388 YFGEGRQEPCGNCDIC------------------LDPPKQYDGSTDAQIA
419

RECQ_BACSU 439 YFDESYEPDDGNLPCCSHCGFDLSLYEQKGERSKMAPLDSWSSELHRIFS
488



В opt.water (Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5):



RECQ_ECOLI 364 -------------ERHKLNAMGAFAEAQTCRRLVLLNYFGEGRQEPCGNC
400

RECQ_BACSU 402 ELMKKEISYRMELKLEKMHRVSFLLQRDGCLRQALLTYFDESYEPDDGNL
451



RECQ_ECOLI 401 DIC------------------LDPPKQYDGSTDAQIALSTIGRVN 427

RECQ_BACSU 452 PCCSHCGFDLSLYEQKGERSKMAPLDSWSSELHRIFSLQTVGELN 496