Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~anuta_al/Surface.html
Дата изменения: Mon Dec 20 04:12:18 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 01:30:20 2012 Кодировка: Windows-1251 |
load 1OYW_1.pdb select contacts, chain a and (chain d around 5.0) remove chain b+c+d hide all show ribbon, chain a show surface, contacts set transparency, 0.25 set surface_quality, 1
Здесь 1OYW_1.pdb - биологическая единица.
б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлеченной в контакт;
Красным цветом отмечен участок остова, взаимодействующий с цепью ДНК.
Использованные команды:select contacts, chain a+d and (chain b+c around 5.0) remove chain b+c hide all show ribbon, byres contacts color red, contacts and chain d and name ca show surface, contacts set transparency, 0.2 set surface_quality, 1в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной модели двойной спирали.
![]()
Использованные команды:select contacts, chain b+c and (chain a+d around 5.0) remove chain a+d hide all show sticks, chain b+c show surface, contacts set transparency, 0.2 set surface_quality, 1Пользуясь сервисом PROTORP, найдем площадь контакта мономеров белка.
![]()
Таким образом, площадь контактов мономера белка - 2518.17 A2.
На гидрофобные взаимодействия приходится 44.23 % площади взаимодействия.