Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~anuta_al/6.html
Дата изменения: Mon May 31 18:02:03 2010
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:56:07 2012
Кодировка: Windows-1251
Эволюция белков. Домены. БД Pfam, InterPro.

Эволюция белков. Домены. БД Pfam, InterPro.


  1. Исследование доменной структуры конкретного белка

    1. Описать доменную структуру белка по данным Pfam

      2. Доменная структура белка RECQ_ECOLI по данным Pfam
      Cхема из Pfam:
      Пояснения к схеме
      ? Pfam AC Pfam ID Полное название семейства домена
      		Положение в последовательности белка RECQ_ECOLI Клан
      1. PF00218 IGPS DEAD/DEAH участок связывания хеликазы 27-192 Клан AAA (CL0023),
      содержит 142 сем-ва,
      у 11-ти неизвестна функция
      (PFAM ID начинается с DUF)
      2.  PF00271 Helicase_C Консервативный С-концевой домен геликазы 254-331 Клан AAA (CL0023),
      содержит 142 сем-ва,
      у 11-ти неизвестна функция
      (PFAM ID начинается с DUF)
      3.  PF09382 RQC RQC домен 411-514 Клан HTH (CL0123),
      содержит 141 сем-во,
      у 19-ти неизвестна функция
      (PFAM ID начинается с DUF)
      4.  PF00570 HRDC HRDC домен 532-599 Клан HRDC-like (CL0426),
      содержит 3 сем-ва


      Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена белка RECQ_ECOLI:  PF00270_seed.msf

    2. Сравнение описания доменной структуры в Pfam с описанием в других БД.




      3. На мой взгляд, наиболее отличается от подписей Pfam подпись PROSITE profile, на рисунке отмечена оранжевым цветом.
      Ее InterPro ID: IPR001650
      Эта запись описывает хеликазную активность, а также связывание нуклеиновых кислот.

      Такой участок представлен во всех интегрированных подписях из других баз данных(указано 18) и несет не очень много информации о первичной структуре заданного белка.

    3. Сопоставление доменной структуры с 3D структурой заданного белка



      4. Зеленым цветом обозначен домен (белка DD19B_HUMAN, длина: 116-284) DEAD (PF00270), красным цветом - Helicase_C (PF00271) (длина:351-434), оранжевым - HRDC, а серым - RCQ.
      Домены соответствуют вполне отдельным компактным частям структуры.
      В принципе, домены Pfam попадают на отдельные структурные участки, причем, практически с отличным совпадением; наблюдаются небольшие разногласия на краях структурных доменов.

  2. Исследование эволюции отдельных доменов

    1. Необходимо описать, как часто и в каких организмах встречаются домены белка RECQ_ECOLI

      2. Домен RQC (PF09382) встретился в рганизмах 603 видов.
      Домен DEAD (PF00270) - 1415, Helicase_C (PF00271) - 1720, HRDC (PF00570) - 698.


      Представленность домена PF09382 в организмах разных видов
      Таксон
      Количество белков с доменом PF09382
      Эукариоты Зеленые растения  32
      Грибы  66
      Животные  88
      Остальные эукариоты  5
      Бактерии  998
      Археи  10

    2. Определить в скольких разных белках Escherichia coli K12 встречаются домены, представленные в RECQ_ECOLI.



      3. Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)

      ? PFAM ID Количество белков в Escherichia coli (strain K12)
      1.  PF00270  15
      2.  PF00271  17
      3.  PF09382  1
      4.  PF00570  2


      Чаще всего встречается консервативный С-концевой домен геликазы, а реже всего - RQC домен.

    3. Приведем несколько примеров разных доменных перестроек

      4. Домен PF00270:

      Наблюдаем сочетание домена DbpA с различными доменами белка:

      DBPA_ECOLI:
      DEAD_ECOLI:

      Разные домены рядом с доменом HA2:

      HRPA_ECOLI:
      HRPB_ECOLI:

      Разрыв в последовательности домена:

      YFJK_ECOLI:

      Домен PF00271:

      Различное расположение домена ResШ по отношению к домену Helicase_C.

      T1RK_ECOLI:
      UVRB_ECOLI:

      RQC домен встречается только в RECQ_ECOLI.

      PF00570 домен имеет единственную доменную перестройку:

      RND_ECOLI:

      На страничку с результатами 4 семестра.
      На главную страничку.