Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~anastaisha_w/rna.html
Дата изменения: Tue Feb 5 01:54:22 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 01:20:43 2012
Кодировка: Windows-1251

Personal student`s page of Suvorova Anastasya

Страница курса биоинформатики
Факультет биоинженерии и биоинформатики

Занятие 8. Структура тРНК

PDB-код структуры: 1YFG

тРНК: YEAST INITIATOR TRNA, цепь А

Организм: SACCHAROMYCES CEREVISIAE; BAKER'S YEAST

Последовательность тРНК:

   A   G   C   G   C   C   G   U 1MG 2MG   C   G   C 
   A   G H2U   G   G   A   A   G   C   G   C M2G   C
   A   G   G   G   C   U   C   A   U T6A   A   C   C 
   C   U   G   A   U 7MG H2U 5MC 5MC   U   C   G   G 
   A   U   C   G 1MA   A   A   C   C   G RIA   G   C 
   G   G   C   G   C   U   A   C   C   A

Модифицированные основания:

1MG 1N-метилгуанозин-5`-монофосфат
2MG 2N-метилгуанозин-5`-монофосфат
H2U 5,6-дигидроуридин -5`-монофосфат
M2G N2-диметилгуанозин-5`-монофосфат
5MC 5-метилцитидин-5`-монофосфат
7MG 7N-метил-8-гидрогуанозин-5`-монофосфат
RIA 2`-0-[(5`-фосфо)рибозил]аденозин-5`-монофосфат

Структура тРНК была проанализирована с помощью программы find_pair


 Результаты программы: 
1 | A:...1_:[..A]A-----U[..U]:..72_:A  0.42  
2 | A:...2_:[..G]G-----C[..C]:..71_:A  0.33 
3 | A:...3_:[..C]C-----G[..G]:..70_:A  0.94  
4 | A:...4_:[..G]G-----C[..C]:..69_:A  0.48  
5 | A:...5_:[..C]C-----G[..G]:..68_:A  0.58  
6 | A:...6_:[..C]C-----G[..G]:..67_:A  0.74  
7 | A:...7_:[..G]G-----C[..C]:..66_:A  0.88 
8 | A:..49_:[5MC]c-----G[..G]:..65_:A  0.89  
9 | A:..50_:[..U]U-----a[RIA]:..64_:A  0.47  
10 | A:..51_:[..C]C-----G[..G]:..63_:A  0.24  
11 | A:..52_:[..G]G-----C[..C]:..62_:A  0.23  
12 | A:..53_:[..G]G-----C[..C]:..61_:A  0.56  
13 | A:..54_:[..A]A-**--a[1MA]:..58_:A  4.12  
14 | A:..55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18_:A  5.20  
15 | A:..57_:[..G]G-**+-A[..A]:..20_:A  4.34  
16 x A:..56_:[..C]C-----G[..G]:..19_:A  1.04 
17 | A:..35_:[..A]A-**--U[..U]:..33_:A  7.03  
18 | A:..38_:[..A]A-*---C[..C]:..32_:A  3.79  
19 | A:..39_:[..C]C-----G[..G]:..31_:A  0.93  
20 | A:..40_:[..C]C-----G[..G]:..30_:A  0.50  
21 | A:..41_:[..C]C-----G[..G]:..29_:A  0.90  
22 | A:..42_:[..U]U-----A[..A]:..28_:A  0.55  
23 | A:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:A  0.58  
24 | A:..44_:[..A]A-*---g[M2G]:..26_:A  1.78  
25 | A:..10_:[2MG]g-----C[..C]:..25_:A  0.56  
26 | A:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:A  0.62  
27 | A:..12_:[..G]G-----C[..C]:..23_:A  0.17  
28 | A:..13_:[..C]C-----G[..G]:..22_:A  0.97  
29 | A:..14_:[..A]A-**--U[..U]:...8_:A  4.79  
30 | A:..15_:[..G]G-**+-c[5MC]:..48_:A  3.59

Результаты проанализированы. Найдено 4 спирали. Ниже представлена картинка, где тРНК в остовной модели раскрашена по спиралям:

При помощи Rasmol создана картинка, на которой изображена цепь тPНК в остовной модели.

background white
define helix1 1-7, 66-72
define helix2 49-53, 61-65
define helix3 38-44, 26-32 
define helix4 10-13, 22-25 
select all
wireframe off
backbone 200
select helix1
color green
select helix2
color cyan
select helix3
color blue
select helix4
color red

select not (helix1, helix2,helix3,helix4)
color orange
select A76.p, A1.p
label %r%n
color black
set fontsize 10
set fontstroke 2

Здесь мы видим тРНК, раскрашенную следующим образом: цветами выделены спирали, остальные остатки представлены в проволочной модели.

Пример неспиральных стекинг взаимодействий можно наблюдать на примере взаимодействия 66-5-64 оснований цепи А.

Водородные связи между основаниями, не сводящиеся в Уотсон-Криковскому взаимодействию можем наблюдать на примере взаимодействия 26 2N-метилгуанозин-5`-монофосфата (2MG) и 44 аденина; 20 аденина и 57 гуанина:

Посмотрим на структуру РНК:

Визуально cтруктура похожа на А форму, когда мы смотрим на спираль с торца, то видим в центре отверстие.

C помощью программы einverted поищем возможные двуспиральные участки в последовательности исследуемой РНК.

Для этого создадим фаста-файл: trna.fasta, в котором все модифицированные основания мы заменили на N.

Программа выдала:

 
Score 35: 7/7 (100%) matches, 0 gaps
       1 a g c g c c g 7       
         + + + + + + +
      71 t c g c g g c 65

Найден один очень маленький кусочек. В то время как при помощи find_pair найдено гораздо больше пар. Это происходит потому что einverted не учитывает неканонические взаимодействия. Получается, что тех взаимодействий, которые einverted учитывает (канонические комплементарные), очень мало, и поэтому программа выдает такой маленький кусочек. Однако, это выравнивание практически точно отражает предсказанную с помощью find_pair первую спираль

Программа m-fold.

Программа m_fold была запущена несколько раз, наилучший результат тыл показан призначении параметра Р=10. Ниже приведена соответствующая картинка:

Полученная картинка выбрана из множества результатов, т.к. она наиболее похожа на клеверный лист и наиболее достоверно отражает структуру данной тРНК.

Занятие 8. Структура тРНК

Программа m-fold.

Переход на главную страницу