Страница курса биоинформатики
Факультет биоинженерии и биоинформатики

Отчет за контрольную работу.
Суворова Анастасия.
20.12.2007

Первый вариант

Заданная последовательность: AALF01000002
Начало координат: 105001

С помощью seqret был вырезан участок в 4000 нуклеотидов: seqretAALF01000002.entret -sask
Нам нужно было определить закодированы ли в нем белки, похожие на белки из Salmonella typhimurium.
Для этого проиндексируем протеом Salmonella typhimurium с помощью программы formatdb и используем программу
BLASTX.
Анализируем неаннотированный участок генома, для того, чтобы выяснить какие белки он кодирует. 
Получаем файл: stres.txt
В результате найдено 91 последовательность, которые близки к содержащимся в протеоме 
у Salmonella typhimurium, с e-value < 0.001.

Лучшая находка: 
>Q7CR10 Q7CR10_SALTY Putative ABC superfamily (Atp_bind) transporter.
          Length = 228

 Score =  180 bits (456), Expect = 7e-46
 Identities = 102/228 (44%), Positives = 145/228 (63%), Gaps = 8/228 (3%)
 Frame = -1

Query: 2062 PTDAVIETRHLYKRFGQ----VTALEDINIRINRGEFVAIMGASGSGKTTLMNILTCLDT 1895
            P +  +E   L K  GQ    ++ L  + + + RGE +A++G SGSGK+TL+ IL  LD 
Sbjct: 2    PAENSVEVHRLRKSVGQGEHELSILTGVELVVKRGETIALIGESGSGKSTLLAILAGLDD 61

Query: 1894 VSEGQVLLDGIDAAGLDEEGRRQFRADKIGLVFQQFHLIPYLTALENI---MLAQHYHSV 1724
             S G+V L G     +DEE R Q RA  +G VFQ F LIP L ALEN+    L +  +S 
Sbjct: 62   GSSGEVSLVGKPLHQMDEEARAQLRAQHVGFVFQSFMLIPTLNALENVELPALLRGENSG 121

Query: 1723 VDEDAARQVLEQVGMTPRMGHLPSQLSGGEQQRVCIARALVNQPPIIFADEPTGNLDEEN 1544
              +  A+ +LEQ+G+  R+ HLP+QLSGGEQQRV +ARA   +P ++FADEPTGNLD + 
Sbjct: 122  QSKAGAKALLEQLGLGKRLDHLPAQLSGGEQQRVALARAFNGRPDVLFADEPTGNLDRQT 181

Query: 1543 EQRVLDLLNHIHRQ-GRTIVMVTHNPDLGCVADRVIRLQHGKYLNEES 1403
              ++ DLL  ++R+ G T+++VTH+P L    DR +RL +G+ L EE+
Sbjct: 182  GDKIADLLFSLNREHGTTLILVTHDPALAARCDRRLRLVNGQ-LQEEA 228

Предсказани генов 
В выравнивании Blast было найдено 4 гена. Для них был проведен поиск в EMBL.

AC  в UniProt   Сектор в EMBL Название гена  Координаты в UniProt Координаты в EMBL
Q7CR10            AE008719     Q7CR10_SALTY      2062-1403                1650-2477
Q8XFK6            AE008800     Q8XFK6_SALTY      1245-946                 202-2036
                  AE008877                                                                                             
Q8ZP13            AE008780     Q8ZP13_SALTY      395-114                  205-1535  
Q8ZR90            AE008757     Q8ZR90_SALTY      2797-2240                2631..5132

Общая схема расположения генов.

5`-----------------[<=Q8ZP13 395-114]------[<= Q8XFK6 1245-946]--------[ <=Q7CR10 2062-1403]------[<= Q8ZR90 2797-2240] ----3`

Видно, что все гены расположены в разных секторах, поэтому их гомологи будт располагаться по-другому. 

Переход на главную страницу