Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~alisikfox90/term3/RNA_report.html
Дата изменения: Fri Oct 24 18:12:45 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 14:22:21 2012
Кодировка: Windows-1251
Исследование структуры т-РНК

Исследование структуры т-РНК

  1. Краткое описание структуры в файле 2fmt.pdb

    2. В файле содержится описание координат молекул метионил-тРНК-формилтрансферазы и формил-2-метионил-тРНК. Для исследования были выбраны цепи C, которая представляет собой тРНК со следующей последовательностью: [2] 5'C G C G G G G 4SU G G A G C A G C C U G G H2U A G C U C G U C G G G OMC U C A U A A C C C G A A G A U C G U C G G 5MU PSU C A A A U C C G G C C C C C G C A A C C A 3'[71]
    В последовательности на 3'-конце триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота.

  2. Исследование вторичной структуры т-РНК

    3. С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями файл rna.fp. В соответствии с полученными данными: акцепторный стебель состоит из участка 2-7 и комплементарного ему участка 66-71.Т-стебель состоит из участков 49-53 и 61-65 D-стебель - из 10-13 и 22-25, а антикодоновый стебель - из 27-29 и 41-43
    Ниже на рисунке представлено изображение остова молекулы исследуемой тРНК, полученное в RasMol при помощи соответствующего скрипта. В остове акцепторный стебель выделен красным, Т-стебель - зеленым, D-стебель - синим, антикодоновый - оранжевым цветами.

    Рис.1. Вторичная структура молекулы тРНК из организма Скрипт для получения изображения 
    define helix1 2-7, 66-71
define helix2 49-53, 61-65
define helix3 10-13, 22-25
define helix4 27-29, 41-43

background white
select all
wireframe off
backbone 100
select helix1
color red
select helix2
color green
select helix3
color blue
select helix4
color orange
select not (helix1, helix2, helix3, helix4)
color grey
restrict RNA 
restrict *C

  3. Исследование третичной структуры т-РНК

    4. 1. В файле stacking.pdb программа analiyze выдала предполагаемые стекинг- взаимодействия между парами оснований, связанных водородными связями. Я выбрала для изучения взаимодействие между парами G5-C68 и G4-C69. Это стекинг-взаимодействие изображено ниже на картинке, полученной при помощи команды stack2img.

  4. Предсказание вторичной структуры т-РНК

    5. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1ВС1.pdb
    Участок структуры
    		Позиции в структуре
    (по результатам find_pair)     		Результаты предсказания
    с помощью einverted     		Результаты предсказания
    по алгоритму Зукера
    Акцепторный стебель 5' 2-7 3'
    5' 66-71 3'
    Всего 6 пар     		предсказаны все 6 пар предсказаны все 6 пар
    T-стебель 5' 49-53 3'
    5' 61-65 3'
    Всего 5 пар     		не предсказано ни одной пары предсказаны все 5 пар
    D-стебель 5' 10-13 3'
    5' 22-25 3'
    Всего 4 пары     		не предсказано ни одной пары предсказаны 2 лишние пары
    Антикодоовый стебель 5' 27-29 3'
    5' 41-43 3'
    Всего 3 пар     		не предсказано ни одной пары предсказаны 2 лишние пары
    Общее число канонических пар нуклеотидов 24 6 18

    Предсказание с помощью einverted:

    Мы пытались предсказать вторичную структуру тРНК при помощи программы einverted. В итоге программа угадала всего 6 пар из акцепторного стебля. Требовалось подобрать параметры, при которых будет найдено как можно больше реальных пар, образующих водородные связи. Подбирая различные параметры, я пыталась добиться хоть какого-то положительного результата. Но каждый раз оказывалось, что программа "складывает" последовательность РНК почти пополам при поиске канонических пар. Причем при таком "складывании" всегда получалось, что "перегиб" проходит по зоне антикодонового стебля, т.е. таким образом программа пытается искать водородные связи между основаниями, между которыми их заведомо быть не может. В общем, за разумное число попыток мне не удалось найти антикодоновый стебель при помощи данной программы. При этом стоит отметить, что даже при нулевом пороге, результат оставался таким же. Таким образом, можно отметить, что с помощью данной программы мы с достаточно большой точностью сможем предсказать антикодоновый стебель. Что же касается Т- и D-стеблей, то с таким алгоритмом, вряд ли возможно предсказать их.

    Предсказание с помощью mfold:

    С этой программой для данной целей работать более рационально, тк она выдает больше различных вариантов, да еще и изображения, что дает возможность сразу отбросить некоторые вариаты. И это очень удобно.
    Я ввела команду без указания на параметр Р, те при Р=0, и получила 2 возможных структуры:

    Рис.1.Наиболее точное предсказание вторичноц структуры тРНК Описание 
    Предсказаны с достаточной точностью все стебли
    Рис.1.Неточное предсказание вторичноц структуры тРНК Описание 
                                                                           
С невысокой точностью предсказан только акцепторный стебель.


    При увеличении значения параметра Р ничего не менялось. На онове этого я сделала вывод, что этот параметр показывает, на сколько процентов выдаваемое предсказание структуры может отличаться по своей вычисленной энергии от оптимального.

    Третий семестр
    Главная страница

    ©

    Гардиева Алиса,2007