Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~alisikfox90/term2/komment2.html
Дата изменения: Thu May 22 17:45:17 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 13:22:34 2012
Кодировка: Windows-1251
Характеристика паттернов

Комментарии

    C помощью программы prophecy пакета EMBOSS на сервере kodomo-count была построена позиционно-специфичная матрица частот аминокислотных остатков (Position Specific Score Matrix, PSSM). Программа была запущена с параметрами по умолчанию: тип профиля - F ; пороговое значение сходства последовательностей для отчета - 75% ("Enter threshold reporting percentage"). В построенной матрице строки - это позиции выравнивания, столбцы - соответствующие аминокислотам буквы. Числа показывают сколько раз в том или ином месте выравнивания встретилась та или иная аминокислота. В графе Consensus - консенсусная последовательность, т.е. последовательность, состоящая из наиболее часто встречающихся аминокислот (по каждой позиции выравнивания) - EFVIDVLQKFFSYDVERATQL . С помощью программы profit получен файл, в котором указан процент сходства последовательностей с эталонной из графы Consensus файла, полученного с помощью программы prophecy. Значения весов последовательностей CLPS_NEIMB и CLPS_MAGMM, расчитанные по PSSM, - менее 75% (значение по умолчанию), поэтому в выдаче программы profit их не оказалось.
Второй семестр
Главная страница
©

Гардиева Алиса,2007