Семейства доменов

Доменная организация белка CLPS_Ecoli

• Схематическое изображение доменной структуры CLPS_Ecoli 
• Домены, отмеченные на пространственной структуре CLPS_Ecoli здесь
  (На рисунке изображена четвертичная структура (биологическая единица - гетеродимер), причем зеленым цветом выделен непосредственно домен ClpS, а красным домен Clp_N (N-концевой домен ClpA). Шариками обозначены лиганды. PDB-код моего белка 1lzw. Изображение было получено с помощью программы RasMol с использованием функции Cartoons).
• Домены в последовательности Clps_Ecoli

Описание N-концевого домена белка CLPS_Ecoli

• Краткая характеристика домена PF02617
ClpS - это маленький домен, состоящий из трех альфа-спиралей, связанных с тремя антипараллельными бета-структурами, образует компактную глобулу, причем три спирали, не лежащие в одной плоскости, лежат поверх скрученных бета-тяжей.
Этот домен связывается с N-концевым доменом шаперона ClpA (доменом Clp_N), таким образом напрямую влияя на функционирование системы шаперон-протеаза ClpAP. ClpS ингибирует деградацию ее субстратов, изменяя специфичность ClpA к субстрату.
• "Организмы, в которых найдены белки с доменами PF02617"

  Таксон		Количество белков с доменом PF02617
  Эукариоты	Растения	6
  	Грибы	7
  	Животные	20
  Бактерии		392
  Археи		-

• Краткие ответы на следующие вопросы:
  • сколько всего известно белков с доменами PF02617? - 432
  • что бывает чаще: домен PF02617 — единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами?
  Чаще он бывает единственным (407 из 427).
  • известны ли случаи дупликации домена PF02617?
  Не известны.
  • известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF02617?
  Не известны.

Мотивы в аминокислотной последовательности CLPS_Ecoli по данным БД InterPro

• Картинка с изображением всех подписей в Вашем белке 
  
• Табличка "Мотивы в белке CLPS_Ecoli по данным БД InterPro"

  Название подписи	Положение в последовательности Clps_Ecoli	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
  Clps	22-103	Pfam	Trust Sanger Institute	Cambridge,England
  Ribosomal_L7/12_C/ClpS-like	23-106	CATH
  Ribosomal_L7/12_C/ClpS-like	20-106	superfamily

Гардиева Алиса,2007