Отчет о результатах анализа множественного выравнивания последовательностей белков, гомологичных белку MUTL_ECOLI

Введение:

• О белке:

  Белок MUTL_ECOLI

  Длина 615 аминокислот

  Acsession number P23367

  остальное - здесь

• О множественном выравнивания последовательностей гомологичных белков:

  Множественное выравнивание последовательностей гомологичных белков должно отражать схожесть их функций и , как следствие, отдельных элементов пространственной структуры, несущих функциональное значение. В программах множественного выравнивания(например, ClustalW) эти элементы как правило не учитываются. Иногда это приводит к тому, что в выравнивании домены с одинаковой функцией не выравниваются друг с другом.

• Материалы и методы

  > 21 представителей семейства получены из выборки seed банка Pfam [из которой удалены белки, представленные фрагментом последовательности ]

  Полноразмерные последовательности белков выборки получены с помощью SRS. Множественное выравнивание построено с помощью программы emma.

  Паттерн построен по 49 позициям

Семейство белков DNA mismatch repair protein, C-terminal domain

• доменный состав MUTL_ECOLI

  

  • Семейство белков DNA_mis_repair

    выборкa из 21 последовательности

    их выравнивание

  • Паттерн

    [IL]X[IVC]XDNGXGX(14)TSKIX(1,4)D[ILF]XX[ILV]X[ST]XGFRGEALX[AS][IL]

    То, что найдено на сайте Swissprot :

    MUTL_XANCP , MUTL_XYLFA , MUTL_VIBPA , MUTL_SALTY , MUTL_ECOL6 , MUTL_AQUAE , MUTL_STAEQ , MUTL_VIBVU , MUTL_BORBU , PMS1_SCHPO , MUTL_BACSU , MUTL_VIBVY , MUTL_CHLTR , MUTL_CHLPN , MUTL_HAEIN , MUTL_LEPIN , MUTL_LISIN , PMS2_MOUSE , MUTL_PASMU , MLH1_SCHPO , MUTL_BUCBP , MUTL_LISMF , MUTL_VIBF1 , PMS1_HUMAN , MUTL_YERPE , MUTL_AQUPY , MUTL_STAES , MUTL_ECO57 , MUTL_SALTI , MUTL_VIBCH , MUTL_LEPIC , MUTL_LISMO , MUTL_XYLFT , MUTL_ECOLI , MUTL_TREPA , MUTL_XANAC , PMS2_HUMAN , MUTL_LACLA , MUTL_CHLMU , MUTL_SYNY3

    список ID :

    Q8P8E4 Q9PFB8 Q87L05 P14161 Q8FAK9 O67518 Q5HPP4 Q8DCV0 O51229 P54280 P49850 Q7MH01 O84579 Q9Z794 P44494 Q8F6X4 Q92BV2 P54279 P57886 Q9P7W6 Q89A38 Q71ZR6 Q5E2C6 P54277 Q8ZIW4 P70754 Q8CPE9 Q8XDN4 Q8Z187 Q72PF7 Q9KV13 Q8Y788 Q87AC9 P23367 O83325 Q8PJX2 P54278 Q9CDL1 Q9PJG5 P73349

    shaded alignment of hits

  • Деление на группы в соответствии с филогенетическим деревом и диагностическими позициями

    Само дерево:

    +-230*MUTL_SYNY3
    |
    +-230+-242*MUTL_TREPA
    |
    +-128+-63-+-236*PMS1_HUMAN
    |    |
    |    +-79-+-257*PMS1_YEAST
    |	|
    |	+-104+-231*PMS1_SCHPO
    |	|
    |	+-205+-0--*PMS2_HUMAN
    |	|
    |	+-0--*PMS2_MOUSE
    |
    +-23-+-227*MUTL_THEAQ
    |
    +-14-+-64-+-229*MUTL_BORBU
    |    |
    |    +-97-+-209*MUTL_THEMA
    |	|
    |	+-190+-0--*MUTL_AQUAE
    |	|
    |	+-0--*MUTL_AQUPY
    |
    +-26-+-151+-0--*MLH1_HUMAN
    |    |
    |    +-0--*MLH1_YEAST
    |
    +-29-+-142+-0--*MUTL_CHLPN
    |    |
    |    +-0--*MUTL_CHLTR
    |
    +-35-+-127+-0--*MUTL_ECOLI
    |    |
    |    +-0--*MUTL_HAEIN
    |
    +-63-+-0--*MUTL_RICPR
    |                                                                                                                            +-119   +-0--*HEXB_STRR6
    | 
    +-0--*MUTL_BACSU
    
    

    Разбиение можно провести по его веткам, например:

    PMS1_YEAST  PMS1_SCHPO
    PMS2_HUMAN  PMS2_MOUSE 
    PMS1_HUMAN
     И 
    MUTL_SYNY3  MUTL_TREPA
    MUTL_THEAQ  MUTL_BORBU
    MUTL_THEMA  MUTL_AQUAE
    MUTL_AQUPY  MLH1_HUMAN
    MLH1_YEAST  MUTL_CHLPN
    MUTL_CHLTR  MUTL_ECOLI
    MUTL_HAEIN  MUTL_RICPR
    HEXB_STRR6  MUTL_BACSU
    

    диагностические признаки подсемейства

  Обсуждение

  - Консервативность последовательностей белков семейства:

  194 позиций из 990 (19,5%) можно считать обоснованными.Так как они находатся в хорошо выраженных функциональных доменах

  - Насколько хорошо построенный паттерн определяет принадлежность последовательности семейству:

  Была найдена 21 диагностическая позиция.