Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO

1. Выдача программы PROCHECK для записи 1JW9.

Воспользуюсь базой данных PDBSum. Со страницы структуры 1jw9 пройду по гиперссылке "procheck". Получим карту Рамачандрана для своей структуры:

                                         No. of                                          
                                        residues     %-tage                                           
                                         ------      ------  
Most favoured regions      [A,B,L]          252       90.3%            
Additional allowed regions [a,b,l,p]         24        8.6%            
Generously allowed regions [~a,~b,~l,~p]      2        0.7%            
Disallowed regions         [XX]               1        0.4%*                                               
                                           ----      ------  
Non-glycine and non-proline residues        279      100.0%    

Большинство остатков находится в предпочитаемых областях. Только один остаток попал в запрещенную область.
Процент остатков (отличных от пролина и глицина), попавших в предпочитаемые области на карте, составил 90,3. Это говорит о хорошем качестве построенной модели (>90%).

 

2. Выдача EDS для остатков записи 1jw9.

На сервере EDS зайду на страницу своей структуры. Пройдя по гиперссылке "Significant regions" получу информацию о том, сколько остатков имеют большой Z-score по RSR.

Цепь B: 13 остатков (5%)
Цепь D: 14 остатков (17%)

Для остатка ARG 178 цепи B создам изображение, на котором видна его модель и электронная плотность вокруг него.

Видно, что остаток не вписывается в электронную плотность.

Для этого остатка:

Пространственный R-фактор RSR = 0.262. Коэффициент корреляции для электронной плотности ("real-space correlation coefficient") равен 0.840. Z-score пространственного R-фактора равен 2.487562.
Эти значения для остатка ARG-178 не являются достоверными (RSR > 0.1; коэффициент корреляции < 0.9; Z-score > 2). Отсюда можно сделать вывод, что приведенные координаты атомов этого остатка не являются достоверными; его теоретическая и экспериментальная электронные плотности не совпадают..

3. PDB_REDO. Оптимизация структуры.

 Со страницы своей структуры 1jw9 в EDS пройду по гиперссылке "PDB_REDO". Изучу таблички "R-values" и "WHAT_CHECK validation".

R-values:

Показатели качества	Неоптимизированная структура	Полностью оптимизированная структура
R	0.1909	0.1640
R-free	0.2135	0.1843
σR-free	0.0040	0.0035
R-free Z-score	2.33	2.03

Из таблицы видно, что после оптимизации улучшились все показатели.

WHAT_CHECK validation:

Показатели качества	Неоптимизированная структура	Полностью оптимизированная структура
1st generation packing quality 1	0.706	0.717
2nd generation packing quality 1	-0.854	-0.734
Ramachandran plot appearance 1	0.164	0.324
Chi-1/Chi-2 rotamer normality 1	-0.397	0.762
Backbone conformation 1	-0.039	0.079
Bond length RMS Z-score 2	0.871	0.538
Bond angle RMS Z-score 2	0.963	0.721
Total number of bumps 3	59	28
Unsatisfied H-bond donors/acceptors 3	11	10

1 Чем выше, тем лучше.
2 Должно быть меньше 1.000.
3 Чем меньше, тем лучше.

Из таблицы видно, что после оптимизации улучшились все показатели.

 

©2008-2010 Михальченко Алексей