Для того, чтобы сравнить электронную плотность глутамина 21 цепи C и 21 глутамина, напр., цепи A, загружу в PyMol файл 2b5a.pdb и файл с электронной плотностью 2b5a.omap, присвоив им разные названия:
load 2B5A.pdb, 2b5a_coo
load 2b5a.omap, 2b5a_map
Выведя на экран остаток глутамина 21 нужной цепи (в данном случае С), визуализирую поверхности уровней 1 и 0,5 электронной плотности в окрестности этого остатка с помощью команды isomesh:
isomesh map1, 2b5a_map, 1, c/21/, 1
isomesh map2, 2b5a_map, 0.5, c/21/, 1
Здесь "map1" – имя нового объекта с изображением поверхности, "2b5a_map" – имя объекта с электронной плотностью, "1" – уровень электронной плотности на изображаемой поверхности; далее идет множество, электронную плотности вокруг которого вы хотим изобразить. Последний аргумент – так называемый "buffer".
Изображение электронной плотности глутамина 21 цепи C:
![](practice3/gln21_c.png)
Поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности показаны желтым и белым. Сверху расположен остов остатка, снизу - B-конформация боковой цепи, левее - A-конформация боковой цепи. Видно, что в B-конформации электронная плотность между атомами CG и CD очень низкая. Больше всего электронная плотность стянута к кислороду и азоту.
Изображение электронной плотности глутамина 21 цепи A:
![](practice3/gln21_a.png)
Поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности показаны желтым и белым. Сверху расположен остов остатка, вниз идет ответвление боковой цепи. Электронная плотность между атомами CG и CD низкая, но, как мне показалось, она ближе к таковой в конформации B нежели в конформации A глутамина 21 цепи C. Больше всего электронная плотность стянута к кислороду и азоту.