Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~alexa-sh/term7/text/1.html
Дата изменения: Tue Oct 9 14:18:42 2012
Дата индексирования: Sun Feb 3 04:19:02 2013
Кодировка: Windows-1251
Практикум 1: электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели экспериментальным данным
1. Файл с электронной плотностью моего белка 1VIZ был получен с EDS (Electron Density Server at Uppsala University)
2. В Pymol были загружены файлы: 1viz.pdb и 1viz.omap.
с помощью команд isomesh map1, map, 1.0, chain a and resi 3-5 (желтого цвета) и isomesh map2, map, 0.5, chain a and resi 3-5 (фиолетового цвета) было получено изображение электронной плотности пептида Asp-Val-Thr моего белка.
3. Электронная плотность для каждого амиенокислотного остатка, входящего в состав выбранного пептида:
Asp3
Val4
Thr5
Использованы уровни 0.5 (фиолетовый) и 1.0 (желтый).
На основании полученных рисунков, а также изображения электронной плотности для аспартата с уровнем 3.0 (выше), можно заключить, что более электроотрицательные атомы имеют большую электронную плотность.
